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化学者のつぶやき

構造式を楽に描くコツ!? テクニック紹介

みなさんは、構造式をどうやって描いていますか? ChemDraw でいちから描くのも楽しいですが、今回は忙しいみなさんのための手抜きで楽に構造式を完成させる方法をご紹介します。

 

1. ダウンロードできる MOL ファイルを活用せよ!

Web サイトの中には、構造式のデータを MOL ファイルという形式で提供してくれている場合があります。たとえば、無料のオンライン化学情報データベースとして有名なものでは

等が挙げられます。例えば ChemSpider で“maitotoxin”を検索してみます。ChemSpider は 2015 年 5 月 21 日にリニューアルし、より使いやすいインターフェースになっています。

ChemSpider-02

検索結果の画面の Save をクリックして MOL ファイルをダウンロードできます。試しに Marvin Sketch で開いてみました(Marvin Sketch は Windows/Mac/Linux などで動く無料の構造式エディタです。もちろん有料の ChemDraw や Windows 用 ChemSketch をお持ちであれば、同じように開くことができます)。

ChemSpider-03

よく見ると微妙に間違っている部分があるかもしれませんが、基本的な骨格はもう完成していますので、まずい部分だけ軽く直して利用できますね!

 

2. 論文から構造式を盗め!

ひとつめの方法は既にやっている方も多いかもしれません。しかし、新しく合成された化合物などはデータベースに登録されていないかもしれません。こうした場合に利用できるのが、Firefox や Chrome ブラウザで動くプラグイン「NCATSFind」です。筆者は Windows/Mac 両方の Firefox/Chrome で試すことができました。

  • Firefox 版
    すぐに使える状態でダウンロードできます。ここをクリックすると、直接 ncats-find.xpi というファイルがダウンロードできますので、通常のアドインと同じように「有効化」してください。
  • Chrome 版(よくわからなければ Firefox 版を試してください)
    「ビルド」という操作が必要なようです。ビルドといっても添付されているバッチファイルあるいはシェルスクリプトを実行するだけで、一瞬です。具体的にはここをクリックして zip ファイルをダウンロードし、解凍します。Windows の場合は chromeBuild.bat をダブルクリックするだけです。Mac などの場合は chromeBuild.sh をターミナルから実行してください。ビルドしたら「拡張機能」のデベロッパーモードで、「パッケージ化されていない拡張機能を読み込む」という機能を使ってインストールします。

ここでは、Chrome 版を Mac で使ったスクリーンショットを使いながら、便利さを実感していただこうと思います。Firefox 版を Mac で使った場合はこちらにスクリーンショットがあります。Windows でもインタフェースは全く同じです。

例えばこちらの論文の Abstract の図で、一番右の構造式を使いたいとします。Chrome では右上にベンゼン環のようなアイコンが出ているので、クリックして「Screen area to Structure」を選択します。

Chrome-NCATS01

使いかたのインストラクションが現れますので、その通りに操作しましょう。

Chrome-NCATS03

構造式部分をドラッグアンドドロップで選び、Process をクリック。すると構造式が OCR 機能さながらに認識されます! 上の「Save Molfile」をクリックすると、MOL ファイルをダウンロードできます。

Chrome-NCATS05

こちらも試しに Marvin Sketch で開いてみました。

Chrome-NCATS06

テキスト認識の OCR 機能を使ったことがある方はお分かりだと思いますが、若干の読み取りミスが起こります。しかし、骨格はあっていますので、ちょっと修正して構造式の完成です。

 

最後に

いかがでしょうか? Web リソースを上手に活用すれば、このように複雑な構造式でも手軽に描くことができます。NCATSFind には「Web サイトから CAS Number を自動的に認識する機能」もあり、こちらも便利です。一度ためしてみては?

 

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アセトアミノフェン
大学院生です。研究では分析化学を専門にしています。

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コメント

  1. 構造式のOCRも侮れないレベルになってきたのかな。5-6年ほど前にお試ししたソフトでは、結合の太さやフォントの種類によって読み取り精度が激変した覚えがある。

  2. おおお。勉強になった

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