1位
Strategic Applications Of Named Reactions In Organic Synthesis
2005年3月に発売された最新の人名反応に関する本です。今までのものは、内容が薄くまた対象とするレベルも低かったが、今回のこの本は250の人名反応に760ページのページ数をさいている。また中身は4色刷りで非常にみやすい。今までになかった書籍です。値段も安いので、今一番のおすすめです。私も買いました!ハードカバーがご希望の方はこちら!
2位 演習で学ぶ有機反応機構
有機合成化学協会 (編さん)/
化学同人, ISBN: 4759810455 / 2005/10/13 / 272 p/¥3,990
(税込)
内容:初級(基礎的な重要問題),中級(大学院入試レベル),上級(論文から精選した研究者レベル)に分けられ、東大薬学部の福山透先生を中心に有機合成化学協会が編纂した有機反応の反応機構を学ぶ演習書。非常に詳しく反応機構が紹介されており、これを1冊完璧にできるようになれば、反応機構はほぼ完璧に理解できると思います。このようなよい演習書は実際なかっただけに、待望の一冊です!!
3位
医薬品のプロセス化学
日本では、現在創薬がつまり、薬を見つけるところが重要視されていますが、アメリカでは実際に医薬品を合成するルート、すなわちプロセス化学が非常に重要視されています。しかし、日本でそのような日本語の書籍はありませんでした。最近出版されたこの本は、例を挙げてプロセス化学を紹介しています。
プロセス化学の書籍はその他に洋書ですが
Practical Process Research & Development
がおすすめです。
4位 Comprehensive
Organic Transformations: A Guide to Functional Group Preparations
かなり以前から知られていますが、Scifinderなどが発達し、簡単に合成法を調べれるようになった今でも、官能基別に一目で調べることの出来るものは必要です。文献の羅列であるが、非常に多数の反応の文献を惹かれており、まさに合成反応の大辞典といえると思います。値段も高いのでそれぞれ個人で持たなくともよいと思いますが、研究室、会社に1冊はあると便利です。
5位
Classics in Total Synthesis II 
前書のClassics
in Total Synthesis : Targets, Strategies, Methods同様全合成の興味深い論文を詳しく、反応から合成法まで解説。Classicsと名前はついているが、最近合成された天然物ばかりで最新の全合成、合成戦略を体系的に学習できる。研究室のゼミの題材等にも最適であるため、ぜひもっておきたい1冊である。
おすすめ

実力養成化学スクール シリーズ
日本化学会が、各分野に対して1冊の本を編集し出版しました。その分野の著名人が執筆しており、ぜひ読んでみたいシリーズです。
特に10月に出版された
有機合成化学、光触媒はおすすめです。
[批評]
演習で学ぶ有機反応機構も健闘いたしましたが、Strategic Applications Of Named Reactions In Organic Synthesisの牙城は崩れません。
1ヶ月ぶりにまた医薬品のプロセス化学がランキングをあげてきました。驚いたのがComprehensive
Organic Transformations。必要なホンだとは思いますが今頃になってどうして売れているのかがわかりませんでした。調べてみるとどうやら、アマゾンで中身検索のために中身が見れるようになったことが原因のようです。
今回のおすすめは、日本化学会が出している実力養成化学スクールシリーズ。こういう本を集めてみるのもいかがでしょうか?私も、もう少ししたら全分野購入して勉強したいと思います。