[スポンサーリンク]

一般的な話題

化学者がコンピューター計算を行うべきか?

[スポンサーリンク]

 

大御所「我々の触媒は反応を円滑に進行させぇ、添加剤の有無で選択性を逆転できる事がわかりました」

 聴衆 「おぉ?、素晴らしい」

大御所「反応メカニズムですが、このような機構だと考えております。」

 聴衆 「なるほど、なるほど」

大御所「さらにDFT計算で遷移状態構造が得られており、選択制が逆転する機構を明らかにしました。」

 聴衆 「…なな、なるほどぉ??」

 オレ 「意義あり!! 添加剤有りの時だけ遷移状態に無理がありすぎるのでは?」

大御所「いや、計算専門の人にやって貰って出た構造だから」

 オレ 「添加剤有無のTSのエネルギー差は選択性に妥当?虚数解の振動方向は?IRC見せてよ?」

大御所「?? 人にやらせた事だから、よく解らないんだよねぇ」

 オレ ((((;゚Д゚)))) 大爆発 ( ´Д`)=3 「ちゃうやろ!反応機構が間違っとる!!」

 

似たような場面に遭遇した方、居ないでしょうか?上記はフィクションですが、ある日の私の心象風景です。

紙と鉛筆で書ける反応機構なら、散々あーでもないこーでもない、お前のは間違っとると議論するのに、ここに「計算で出た遷移状態」というのが示されるとみんな静かに「なるほどぉ」と唱えて、「計算で出てるんなら合ってるんだろうね」と思考停止しちゃう。遷移状態無双かっ!葵の御紋かっ!!

 

ちょっと待て、それは危ない。なぜなら、発表者も「計算で出てるんなら合ってるんだろうね」と思考停止している可能性が高いから。

計算するのはコンピューターですが、その妥当性はケミストが議論すべき事なんです。有機化学反応であれば、有機化学者と量子化学者とが対等に議論して、出てきた構造の妥当性にツッコミを入れまくるべきなんです。でもなかなかに文化の壁は厚く…

 

Should medicinal chemists do molecular modelling?

 のっけから愚痴気味の今回のポストですが、創薬の場面でも「モデリングでこういう結果だったから」という責任転嫁ワードがしばしば飛び出します。当然「モデリングの妥当性理解してんの?」とツッコミ入れてやります。

 昨年のDrug Discovery Today 誌のPerspectiveに創薬化学者が分子モデリングをすべきか?Should medicinal chemists do molecular modelling?という論文が載りました。モデリング即ちCADD (Computer-Aided Drug Design) 化学者 (bench chemist) 自身がやるべきか、専門家 (モデラー/computer chemist) が全てやるべきかについて、 化学者側、モデラー側双方のメリット/デメリットについて分析し、どうすればwin-winな関係が築けるかを考察して、理想の組織体制を提案しています。

 化学者自身がCADDをすると、専門家であるモデラーの反応は4つにわかれるようです。

1. 仕事の創造性を増すので歓迎

2. 歓迎しないが補助はする

3. 素人仕事はミスリーディングを生むから拒絶

4. 自分の仕事がなくなる脅威

そこで著者からの提案は「化学者を訓練レベルに応じて分類し、使えるCADDツールをレベルに応じて制限しよう」というものです(この場合、社内に定義済webインターフェースを構築しようと推奨しています)。そして、ケミストとモデラーが、お互いの職場を行き来したり、同じ居室で作業することでコミュニケーションをとるか、互いの分野を橋渡しできるような「訓練された」ケミストを置くようにしよう、と主張しています。

 

誰が橋渡しをするのか?

 こと創薬の場では、ケミストとモデラーは互いに協力して化合物デザインをしていかざるを得ません。一方、冒頭にあったような反応機構の場ではどうでしょうか?反応の結果は既にあり、計算はそれを説明するだけ、となれば計算化学者は常に後追いで、イニシアチブは常にケミストが握っている気がします。

  PCパワーの発展により、個人のノートPCでもX線結晶構造ぐるぐる眺めたり、量子化学計算走らせたりというのが簡単にできるようになっています。今後も まだまだパワーアップするのは間違いないので、映画「マイノリティーレポート」のように空中を撫でるだけサクサクと分子模型が浮かび上がる世界はもうすぐ そこでしょう。一方で、計算化学を活用して反応機構をすっきり論じている論文は増えていない気がします。足りないのは、、、人材でしょうか?それとも時間や心の余裕?

 実験化学者自らが計算化学ツールを使いこなして、反応機構を解き明かす事ができるように訓練を積んでいきたいですね。

 参考論文

Should medicinal chemists do molecular modelling?
Drug Discovery Today, Volume 17, Issues 11–12, June 2012, Pages 534-537
Timothy J. Ritchie, Iain M. McLay

関連書籍

 

 

関連記事

  1. 化学パズル・不斉窒素化合物
  2. すべてがFになる
  3. その構造、使って大丈夫ですか? 〜創薬におけるアブナいヤツら〜
  4. ナノグラムの油状試料もなんのその!結晶に封じて分子構造を一発解析…
  5. 工業製品コストはどのように決まる?
  6. 科博特別展「日本を変えた千の技術博」にいってきました
  7. 含『鉛』芳香族化合物ジリチオプルンボールの合成に成功!②
  8. 【太陽ホールディングス】新卒採用情報(2021卒)

コメント、感想はこちらへ

注目情報

ピックアップ記事

  1. 高速液体クロマトグラフィ / high performance liquid chromatography, HPLC
  2. リロイ・フッド Leroy E. Hood
  3. アメリカで Ph.D. を取る –エッセイを書くの巻– (前編)
  4. <アスクル>無許可で危険物保管 消防法で義務づけ
  5. 長井長義 Nagayoshi Nagai
  6. 第12回 DNAから人工ナノ構造体を作るーNed Seeman教授
  7. 会社でも英語を重視?―さて詮なきことか善きことか
  8. タミフルの新規合成法・その4
  9. C-H活性化触媒を用いる(+)-リゾスペルミン酸の収束的合成
  10. 2012年イグノーベル賞発表!

関連商品

ケムステYoutube

ケムステSlack

注目情報

注目情報

最新記事

アメリカ大学院留学:卒業後の進路とインダストリー就活(3)

前回・前々回の記事では、アメリカのPhD取得後の進路について、一般的な進路やインダストリー就活の流れ…

リンだ!リンだ!ホスフィン触媒を用いたメチルアミノ化だ!

有機リン触媒とアリールボロン酸を用いたニトロメタンの還元的C–Nカップリング反応が報告された。本手法…

化学者のためのエレクトロニクス講座~次世代の通信技術編~

このシリーズでは、化学者のためのエレクトロニクス講座では半導体やその配線技術、フォトレジストやOLE…

第132回―「遷移金属触媒における超分子的アプローチ」Joost Reek教授

第132回の海外化学者インタビューはジュースト・リーク教授です。アムステルダム大学ファント・ホッフ分…

位置多様性・脱水素型クロスカップリング

第281回のスポットライトリサーチは、菅原真純 博士にお願いしました。菅原さんは理化学研究所…

エノールエーテルからα-三級ジアルキルエーテルをつくる

α-オキシラジカルを経るエノールエーテルのa位官能基化が開発された。種々のアルキルエノールエーテルと…

アメリカ大学院留学:卒業後の進路とインダストリー就活(2)

前回の記事では、アメリカのPhD取得後の進路について、一般的な進路や就活を始める時期について紹介しま…

【第11回Vシンポ特別企画】講師紹介③:大内 誠 先生

今回の記事では、第11回バーチャルシンポジウム「最先端精密高分子合成」をより楽しむべく講師の一人であ…

Chem-Station Twitter

PAGE TOP