[スポンサーリンク]

化学者のつぶやき

信じられない!驚愕の天然物たちー顛末編ー

[スポンサーリンク]

 

先日”信じられない!驚愕の天然物たち”と題したポストをしましたが、その続編と言いますか、顛末と言いますか、まあそうだよねえという論文が出ましたのでご紹介したいと思います。

先日のポストではいくつかの珍しい天然有機化合物についてご紹介いたしました。なぜかHUFPOSTでも紹介していただきまして、正直驚きました。

そんな中でも読者の皆様から比較的多くの反響があったのが“フッ素が入った天然有機化合物、しかも芳香族フッ素化合物”でした。インドのMarimuthuらによって報告され、放線菌の一種から単離されたとされており、その構造決定にはX-線結晶構造解析が用いられていました[1]

fluoro_2.png

左が放線菌から得られたとされる問題の化合物

さて、今回英国、エジプトのO’Haganらのグループからそんな化合物の構造が誤りであるという論文が出されました[2]。彼らは提出されていた構造をもつフッ素化合物を化学合成し、NMRなどのデータが一致しないことを確認しています。

では天然から得られたと報告された化合物はどんな構造なんでしょうか?MarimuthuらはX-線結晶構造解析を使って決定したとされる構造なので、明後日のものだとは考えにくいです。すると考えつくのがやはりフッ素原子というのが誤りなのではないかという可能性です。

X-線結晶構造解析ではフッ素と酸素の違いは結構微妙なところだとのことで、それを見誤ったのではないかとのことです。また、19F NMRのシグナルが観測されたと報告されていましたが、強度も弱くかなりブロードなシグナルでした。合成品はシャープなシグナルで現れていますし、19F-1H間のカップリングもきちんと観測されています。よってMarimuthuらはテフロンか何かのコンタミの19Fを観測したのではないかと推測しています。

unbelievable_2.png

工業的に使われる抗酸化物質

ではフッ素原子のアサインが誤りで酸素だったとしたら、捕まえてきたのはフェノール誘導体ということになります。それが天然物として得られたのであれば、それはそれで面白いですが(t-ブチル基を持つ天然物も稀です)、工業的に使われている抗酸化物質に似たような化合物がありますので、こういった化合物由来の物質が単離精製途中にコンタミしたと考えるのが自然だと思います。

ただ気になるのが、Marimuthuらは得られた化合物には抗酸化活性が無かったとしている点です。この点だけは合理的な説明ができませんが、検定法に問題でもあったのでしょうか。

X-線結晶構造解析と言えば、有機化合物の構造決定において絶大な威力を発揮する言わば最終兵器みたいなものですので、その解析図があればNMRスペクトルの詳細な解析なんてしなくってもいいので大変便利です。筆者も論文を読んでもの凄い珍しい物質だなあと感心した訳ですが、その構造決定にX-線を使っているとのことで信じてしまいました。しかし、専門家が見ればそんなX-線結晶構造解析でも変だなと思うようですね。今から思えばちゃんとSupporting Information (SI)のNMRスペクトルを見るべきでした。

次はおまけでこちらの化合物も紹介しましょう。Fumigatoside類はクラゲから得られた微生物Aspergillus fumigatusから単離したと中国のJung, Liuらが報告しました[3]

?unbelievable_3.pngFumigatoside A

筆者は論文の新着情報をRSSフィードで得ていますが、このOrganic Letters誌のフィードを見てひっくり返りそうになりました。赤で示した部分ですが、うちの学生がこのような構造を書いてきたりしたら有無を言わせず却下ですよ。アルキンに直接ヒドロキシ基が結合って安定なはずがありません。しかもそのアルキンは窒素原子に結合しているとのこと。N-アルキニル基を持つ天然物ってのも、見たことがありませんでしたし、もう突っ込みどころ満載の構造アサインでした。

何を根拠にこのような構造を提出したのかというと、DMSO-d6中で測定したHMBCスペクトルにおいて、9.8 ppm付近に観測されたとされるヒドロキシ基のプロトンと、N-アルキニルの炭素の間にHMBC相関が観測されたからとされています。なるほどSIを見るとそんな感じのHMBC相関がありそうに見えます。しかし肝心の1H NMRスペクトルがありません。あるのはCD3OD中の1H NMRスペクトルのみです。これでは詳細を見返す事が出来ません。

もし筆者が審査を担当したら、この珍奇な化合物の構造決定には細心の注意を払ってデータを見ると思います。そうすればNMRスペクトルの不備などは簡単に見つけられたはずです。杜撰な審査と言わざるを得ませんね。ちなみにSIファイルでは全て化合物名がfumigatoneになっています。投稿した時はfumigatoneで審査の過程でfumigatosideにしたけどSIは修正しなかったとかですかね。

結局この論文は騒ぎが大きかったからなのか著者らによって取り下げられました。掲載までこぎつけたということは複数の審査員の審査を通り、編集者もゴーサインを出したということです。STAP細胞問題でも論文審査の問題点が明らかになった訳ですが、この一件は論文の審査がいいかげんな事があるということを如実に示しているように思えます。あまりこんな事は言いたくありませんが、特定の国発の論文にこのようなケースが散見されるように思います。我が国は逆に審査が厳しい方が多いような・・・

驚くような天然有機化合物はなかなかお目にかかれませんが、今日も何処かで新しい、ユニークな化合物が発掘されているに違いありません。今回ご紹介したのは残念な結果になったものですが、次の化合物を楽しみに待っていましょう!

関連文献

[1] Natural Occurrence of Organofluorine and Other Constituents from Streptomyces sp. TC1. Marimuthu, P. et al. J. Nat. Prod. 77, 2, (2014). doi: 10.1021/np400360h

[2] Total Synthesis of a Reported Fluorometabolite from Streptomyces sp. TC1 Indicates an Incorrect Assignment. The Isolated Compound Did Not Contain Fluorine. O’Hagan, D. et al. J. Nat. Prod. 77, ASAP, (2014). doi: 10.1021/np500260z

[3] Fumigatosides A?D, Four New Glucosidated Pyrazinoquinazoline Indole Alkaloids from a Jellyfish-Derived Fungus Aspergillus fumigatus. Jung, J. H., Liu, Yonghong. et al. Org. Lett. (Retracted). doi: 10.1021/ol500243k

 

関連書籍

ペリプラノン

投稿者の記事一覧

有機合成化学が専門。主に天然物化学、ケミカルバイオロジーについて書いていきたいと思います。

関連記事

  1. 新たな環状スズ化合物の合成とダブルカップリングへの応用
  2. 【読者特典】第92回日本化学会付設展示会を楽しもう!
  3. 「世界の最先端で研究する」という夢と実際 ーカリフォルニア大学バ…
  4. ニルスの不思議な受賞 Nils Gustaf Dalénについて…
  5. 光C-Hザンチル化を起点とするLate-Stage変換法
  6. 危険ドラッグ:創薬化学の視点から
  7. 触媒表面に吸着した分子の動きと分子変換過程を可視化~分子の動きが…
  8. 化学者がコンピューター計算を行うべきか?

コメント、感想はこちらへ

注目情報

ピックアップ記事

  1. 有機合成化学協会誌2020年1月号:ドルテグラビルナトリウム・次亜塩素酸ナトリウム5水和物・面性不斉含窒素複素環カルベン配位子・光酸発生分子・海産天然物ageladine A
  2. SPring-8って何?(初級編)
  3. 3色に変化する熱活性化遅延蛍光材料の開発
  4. フェネストレンの新規合成法
  5. 齊藤 尚平 Shohei Saito
  6. リンを光誘起!σ-ホールでクロス求電子剤C–PIIIカップリング反応
  7. ファンケル、「ツイントース」がイソフラボンの生理活性を高める働きなどと発表
  8. オリンピセン (olympicene)
  9. 資生堂:育毛成分アデノシン配合の発毛促進剤
  10. 産総研 地質標本館

関連商品

ケムステYoutube

ケムステSlack

月別アーカイブ

2014年5月
 1234
567891011
12131415161718
19202122232425
262728293031  

注目情報

最新記事

“見た目はそっくり、中身は違う”C-グリコシド型擬糖鎖/複合糖質を開発

第598回のスポットライトリサーチは、九州大学大学院薬学府(平井研究室)博士後期課程3年の森山 貴博…

触媒化学との「掛け算」によって展開される広範な研究

前回の記事でご紹介したとおり、触媒化学融合研究センター(触媒センター)では「掛け…

【Q&Aシリーズ❸ 技術者・事業担当者向け】 マイクロ波プロセスのスケールアップについて

<内容>※本セミナーは、技術者および事業担当者向けです。今年に入って全3回に…

「産総研・触媒化学融合研究センター」ってどんな研究所?

2013年に産総研内に設立された触媒化学融合研究センターは、「触媒化学」を中心に据えつつ、他分野と「…

低い電位で多電子移動を引き起こす「ドミノレドックス反応」とは!?

第597回のスポットライトリサーチは、北海道大学大学院総合化学院 有機化学第一研究室(鈴木孝紀研)の…

マテリアルズ・インフォマティクスにおける回帰手法の基礎

開催日:2024/03/06 申込みはこちら■開催概要マテリアルズ・インフォマティクスを…

フッ素の特性が織りなす分子変換・材料化学(CSJカレントレビュー:47)

(さらに…)…

日本薬学会第144回年会「有機合成化学の若い力」を開催します!

卒業論文などは落ち着いた所が多いでしょうか。入試シーズンも終盤に差し掛かり、残すところは春休…

ホウ酸団子のはなし

Tshozoです。暇を見つけては相変わらず毎日ツイッターでネタ探しをしているのですが、その中で下…

活性酸素を効率よく安定に生成できる分子光触媒 〜ポルフィリンと分子状タングステン酸化物を複合化〜

第596回のスポットライトリサーチは、東京大学 大学院工学系研究科(山口研究室)修士課程 2年の山口…

実験器具・用品を試してみたシリーズ

スポットライトリサーチムービー

PAGE TOP