[スポンサーリンク]

一般的な話題

分子構造を 3D で観察しよう (2)

前回は、直感的なメニューを使いながら Jmol を動かし、分子の表示を調節しました。今回(第 2 回)はコマンドを入力して操作したいと思います。

 

なぜ、わざわざコマンドで?

前回簡単だったのに、どうして? と思う方もいるかもしれませんが、これには理由があります。

Jmol には非常にたくさんの機能があります。しかし、メニューにそのすべてを放り込んでしまうと、どうなるでしょうか。機能が多すぎて全部表示してしまうとメニューがごちゃごちゃしてしまいますよね。メニューが膨大になると、使う側も探すのが大変になってしまいます。そこで、Jmol の場合は「本当によく使う機能だけをメニューに入れておくから、ほかはコマンドで操作してね」ということになっているのだと思います。

コマンドの場合は覚えるのは大変ですが、ほとんどの場合は自然な英語に近いですし、一度覚えればメニューから探すより圧倒的に速く使えるようになるはずです。そこで、今回はコマンドの良さを少しだけご紹介します。

 

前回やったこともコマンドで!

前回紹介した「水分子を非表示にし、ついで核酸分子を選択して CPK 空間充填モデルに変更する」という作業も、コマンドでやってみましょう。前回、ドルマークだけが表示された白いウィンドウがありましたよね? こちらが、コマンドを入力するための Jmol スクリプト・コンソールです。


PDB-ChemStation01-04
 

前回と同じように PDB ファイルを開いたら、表示されているドルマークに続いて、次のコマンドを一行ずつ入力し、Enter キーを押してください(以下では「コンソールに入力してください」という意味で、初めにドルマークを付けておきます。実際に皆さんが入力するのはその後に続く命令だけです)。

$ hide water
$ select dna
$ spacefill only
$ color cpk

 

これで、前回作成したのと同じ状態になります。確認してみてください。


PDB-ChemStation02-02
 

メニューではできないことを、コマンドで!

ここからは、GUI のメニューからの操作では難しい処理をコマンドでやってみます。


PDB-ChemStation02-ABC
 

まずは DNA をカートゥーン表示にしてみます(図A)。

$ select dna
$ cartoon only

 

塩基を A, T, G, C それぞれで色分けしてみましょう。a, t, g, c でヌクレオシドごとの選択になります。色は適当に決めましたが、A と T を暖色系、G と C を寒色系にしてみました(図B)。

$ select a
$ color coral
$ select t
$ color gold
$ select g
$ color lightgreen
$ select c
$ color cornflowerblue

 

今度は DNA の背骨部分を選択し、こちらは棒球表示らしくしてみます(図C)。

$ select backbone
$ wireframe 0.15
$ spacefill 20%

 

表示されている分子モデルをぐるぐる回してみると、A と T が対をつくり、G と C が対をつくっているのをはっきりと確認できますね。

 

画像として保存

もちろん、今回も画像を保存してみましょう。前回同様に JPG 形式で保存してみますが、今度はコマンドで行います。Mac でデスクトップに保存したい場合は

$ write /Users/ユーザ名/Desktop/1bna.jpg

 

のように入力します。Windows なら

$ write C:/Users/ユーザ名/Desktop/1bna.jpg

 

と入力してください。これでデスクトップに JPG 画像が出力されます。


1bna
 

いかがでしたか?

このように、コマンドを用いれば詳細に表示のしかたを調節することができました。簡単な例しか示していませんし、私もすべてを試したわけではありませんが、非常に多くの機能がありますので、興味のある方はご覧ください。

 

参考になる外部サイト

※今回作成したモデルは、あまり美しい&見やすいものではありませんでしたが、次回の説明をわかりやすくするためにあえてこんなモデルにしました。美的センスに自信のある方は、もっと綺麗なモデルを作ってみてください!

 

The following two tabs change content below.
アセトアミノフェン
大学院生です。研究では分析化学を専門にしています。

関連記事

  1. 5配位ケイ素間の結合
  2. 細胞の中を旅する小分子|第二回
  3. 最近の有機化学注目論文3
  4. 小さなケイ素酸化物を得る方法
  5. 化学のちからで抗体医薬を武装する
  6. ブラウザからの構造式検索で研究を加速しよう
  7. 【PR】Chem-Stationで記事を書いてみませんか?【スタ…
  8. マイクロ波とイオン性液体で単層グラフェン大量迅速合成

コメント、感想はこちらへ

注目情報

ピックアップ記事

  1. 第30回 弱い相互作用を活用した高分子材料創製―Marcus Weck教授
  2. Bergfriendhof (山の墓地)
  3. 第10回日本化学連合シンポジウム 化学コミュニケーション賞2016 表彰式
  4. 二次元物質の科学 :グラフェンなどの分子シートが生み出す新世界
  5. コーンブルム酸化 Kornblum Oxidation
  6. picoSpin世界最小NMRシステムの販売開始
  7. ピリジン-ホウ素ラジカルの合成的応用
  8. 化学にインスパイアされたジュエリー
  9. 可逆的付加-開裂連鎖移動重合 RAFT Polymerization
  10. pH応答性硫化水素ドナー分子の開発

関連商品

注目情報

注目情報

最新記事

添加剤でスイッチするアニリンの位置選択的C-Hアルキル化

Ru触媒を用いたアニリン誘導体のパラ位アルキル化が開発された。極めて位置選択性が高く、添加剤により選…

ジェレマイア・ジョンソン Jeremiah A. Johnson

ジェレマイア・A・ジョンソン(Jeremiah A. Johnson、19xx年xx月xx日)は、ア…

電子ノートか紙のノートか

読者の方々の所属する研究室・会社では実験ノートはどのように保管、データ化されていますでしょうか?…

フランシス・アーノルド Frances H. Arnold

フランシス・ハミルトン・アーノルド(Frances Hamilton Arnold、1956年7月2…

アルキルラジカルをトリフルオロメチル化する銅錯体

中国科学院 上海有機化学研究所のChaozhong Liらは、アルキルハライドから系中生成させた炭素…

Baird芳香族性、初のエネルギー論

第126回のスポットライトリサーチは、東京大学大学院工学系研究科(相田卓三教授) 博士後期課程1年の…

Chem-Station Twitter

PAGE TOP