[スポンサーリンク]

一般的な話題

分子構造を 3D で観察しよう (2)

前回は、直感的なメニューを使いながら Jmol を動かし、分子の表示を調節しました。今回(第 2 回)はコマンドを入力して操作したいと思います。

 

なぜ、わざわざコマンドで?

前回簡単だったのに、どうして? と思う方もいるかもしれませんが、これには理由があります。

Jmol には非常にたくさんの機能があります。しかし、メニューにそのすべてを放り込んでしまうと、どうなるでしょうか。機能が多すぎて全部表示してしまうとメニューがごちゃごちゃしてしまいますよね。メニューが膨大になると、使う側も探すのが大変になってしまいます。そこで、Jmol の場合は「本当によく使う機能だけをメニューに入れておくから、ほかはコマンドで操作してね」ということになっているのだと思います。

コマンドの場合は覚えるのは大変ですが、ほとんどの場合は自然な英語に近いですし、一度覚えればメニューから探すより圧倒的に速く使えるようになるはずです。そこで、今回はコマンドの良さを少しだけご紹介します。

 

前回やったこともコマンドで!

前回紹介した「水分子を非表示にし、ついで核酸分子を選択して CPK 空間充填モデルに変更する」という作業も、コマンドでやってみましょう。前回、ドルマークだけが表示された白いウィンドウがありましたよね? こちらが、コマンドを入力するための Jmol スクリプト・コンソールです。


PDB-ChemStation01-04
 

前回と同じように PDB ファイルを開いたら、表示されているドルマークに続いて、次のコマンドを一行ずつ入力し、Enter キーを押してください(以下では「コンソールに入力してください」という意味で、初めにドルマークを付けておきます。実際に皆さんが入力するのはその後に続く命令だけです)。

$ hide water
$ select dna
$ spacefill only
$ color cpk

 

これで、前回作成したのと同じ状態になります。確認してみてください。


PDB-ChemStation02-02
 

メニューではできないことを、コマンドで!

ここからは、GUI のメニューからの操作では難しい処理をコマンドでやってみます。


PDB-ChemStation02-ABC
 

まずは DNA をカートゥーン表示にしてみます(図A)。

$ select dna
$ cartoon only

 

塩基を A, T, G, C それぞれで色分けしてみましょう。a, t, g, c でヌクレオシドごとの選択になります。色は適当に決めましたが、A と T を暖色系、G と C を寒色系にしてみました(図B)。

$ select a
$ color coral
$ select t
$ color gold
$ select g
$ color lightgreen
$ select c
$ color cornflowerblue

 

今度は DNA の背骨部分を選択し、こちらは棒球表示らしくしてみます(図C)。

$ select backbone
$ wireframe 0.15
$ spacefill 20%

 

表示されている分子モデルをぐるぐる回してみると、A と T が対をつくり、G と C が対をつくっているのをはっきりと確認できますね。

 

画像として保存

もちろん、今回も画像を保存してみましょう。前回同様に JPG 形式で保存してみますが、今度はコマンドで行います。Mac でデスクトップに保存したい場合は

$ write /Users/ユーザ名/Desktop/1bna.jpg

 

のように入力します。Windows なら

$ write C:/Users/ユーザ名/Desktop/1bna.jpg

 

と入力してください。これでデスクトップに JPG 画像が出力されます。


1bna
 

いかがでしたか?

このように、コマンドを用いれば詳細に表示のしかたを調節することができました。簡単な例しか示していませんし、私もすべてを試したわけではありませんが、非常に多くの機能がありますので、興味のある方はご覧ください。

 

参考になる外部サイト

※今回作成したモデルは、あまり美しい&見やすいものではありませんでしたが、次回の説明をわかりやすくするためにあえてこんなモデルにしました。美的センスに自信のある方は、もっと綺麗なモデルを作ってみてください!

 

The following two tabs change content below.
アセトアミノフェン
大学院生です。研究では分析化学を専門にしています。

関連記事

  1. 力学的エネルギーで”逆”クリック!
  2. 電子雲三次元ガラス彫刻NEBULAが凄い!
  3. 遺伝子工学ーゲノム編集と最新技術ーChemical Times特…
  4. 再生医療ーChemical Times特集より
  5. 神秘的な海の魅力的アルカロイド
  6. 有機無機ハイブリッドペロブスカイトはなぜ優れているのか?
  7. ベンゼンの直接アルキル化
  8. 研究者向けプロフィールサービス徹底比較!

コメント、感想はこちらへ

注目情報

ピックアップ記事

  1. 触媒的C-H酸化反応 Catalytic C-H Oxidation
  2. ノーベル医学生理学賞、米の2氏に
  3. 原田 明 Akira Harada
  4. 不安定化合物ヒドロシランをうまくつくる方法
  5. 製薬特許売買市場、ネットに創設へ…大商とUFJ信託
  6. カフェイン caffeine
  7. はしか流行?
  8. リヒャルト・エルンスト Richard R. Ernst
  9. トーマス・レクタ Thomas Lectka
  10. たばこと塩の博物館

関連商品

注目情報

注目情報

最新記事

ウォルフガング-クローティル Wolfgang Kroutil

ウォルフガング クローティル (Wolfgang Kroutil, 1972年8月5日-) Graz…

光反応性ジアジリンアミノ酸:Fmoc-Tdf-OH, H-Tdf-OH, Boc-Tdf-OH

光反応性ジアジリンアミノ酸は、レセプターであるタンパク質との間で共有結合を形成するという特性があり、…

嫌気性コリン代謝阻害剤の開発

嫌気性コリン代謝を選択的に阻害する小分子が開発された。これは、嫌気性微生物の代謝による疾患のメカニズ…

ケムステイブニングミキサー2019ー報告

3月16日から19日の日本化学会第99春季年会に参加されたみなさま、おつかれさまでした!甲南大学…

モリブデンのチカラでニトロ化合物から二級アミンをつくる

川上原料のニトロアレーンとアリールボロン酸を用いた二級アミン合成法が報告された。空気下で安定なモリブ…

化学的に覚醒剤を隠す薬物を摘発

化学変化を加えると覚醒剤に加工できる指定薬物を密輸しようとしたなどとして、東京税関成田支署と成田空港…

Chem-Station Twitter

PAGE TOP