[スポンサーリンク]

一般的な話題

分子構造を 3D で観察しよう (2)

前回は、直感的なメニューを使いながら Jmol を動かし、分子の表示を調節しました。今回(第 2 回)はコマンドを入力して操作したいと思います。

 

なぜ、わざわざコマンドで?

前回簡単だったのに、どうして? と思う方もいるかもしれませんが、これには理由があります。

Jmol には非常にたくさんの機能があります。しかし、メニューにそのすべてを放り込んでしまうと、どうなるでしょうか。機能が多すぎて全部表示してしまうとメニューがごちゃごちゃしてしまいますよね。メニューが膨大になると、使う側も探すのが大変になってしまいます。そこで、Jmol の場合は「本当によく使う機能だけをメニューに入れておくから、ほかはコマンドで操作してね」ということになっているのだと思います。

コマンドの場合は覚えるのは大変ですが、ほとんどの場合は自然な英語に近いですし、一度覚えればメニューから探すより圧倒的に速く使えるようになるはずです。そこで、今回はコマンドの良さを少しだけご紹介します。

 

前回やったこともコマンドで!

前回紹介した「水分子を非表示にし、ついで核酸分子を選択して CPK 空間充填モデルに変更する」という作業も、コマンドでやってみましょう。前回、ドルマークだけが表示された白いウィンドウがありましたよね? こちらが、コマンドを入力するための Jmol スクリプト・コンソールです。


PDB-ChemStation01-04
 

前回と同じように PDB ファイルを開いたら、表示されているドルマークに続いて、次のコマンドを一行ずつ入力し、Enter キーを押してください(以下では「コンソールに入力してください」という意味で、初めにドルマークを付けておきます。実際に皆さんが入力するのはその後に続く命令だけです)。

$ hide water
$ select dna
$ spacefill only
$ color cpk

 

これで、前回作成したのと同じ状態になります。確認してみてください。


PDB-ChemStation02-02
 

メニューではできないことを、コマンドで!

ここからは、GUI のメニューからの操作では難しい処理をコマンドでやってみます。


PDB-ChemStation02-ABC
 

まずは DNA をカートゥーン表示にしてみます(図A)。

$ select dna
$ cartoon only

 

塩基を A, T, G, C それぞれで色分けしてみましょう。a, t, g, c でヌクレオシドごとの選択になります。色は適当に決めましたが、A と T を暖色系、G と C を寒色系にしてみました(図B)。

$ select a
$ color coral
$ select t
$ color gold
$ select g
$ color lightgreen
$ select c
$ color cornflowerblue

 

今度は DNA の背骨部分を選択し、こちらは棒球表示らしくしてみます(図C)。

$ select backbone
$ wireframe 0.15
$ spacefill 20%

 

表示されている分子モデルをぐるぐる回してみると、A と T が対をつくり、G と C が対をつくっているのをはっきりと確認できますね。

 

画像として保存

もちろん、今回も画像を保存してみましょう。前回同様に JPG 形式で保存してみますが、今度はコマンドで行います。Mac でデスクトップに保存したい場合は

$ write /Users/ユーザ名/Desktop/1bna.jpg

 

のように入力します。Windows なら

$ write C:/Users/ユーザ名/Desktop/1bna.jpg

 

と入力してください。これでデスクトップに JPG 画像が出力されます。


1bna
 

いかがでしたか?

このように、コマンドを用いれば詳細に表示のしかたを調節することができました。簡単な例しか示していませんし、私もすべてを試したわけではありませんが、非常に多くの機能がありますので、興味のある方はご覧ください。

 

参考になる外部サイト

※今回作成したモデルは、あまり美しい&見やすいものではありませんでしたが、次回の説明をわかりやすくするためにあえてこんなモデルにしました。美的センスに自信のある方は、もっと綺麗なモデルを作ってみてください!

 

The following two tabs change content below.
アセトアミノフェン
大学院生です。研究では分析化学を専門にしています。

関連記事

  1. アメリカ大学院留学:実験TAと成績評価の裏側
  2. トシルヒドラゾンとボロン酸の還元的カップリング反応とその応用展開…
  3. 最近の金事情
  4. NHC銅錯体の塩基を使わない直接的合成
  5. 日本発化学ジャーナルの行く末は?
  6. スローン賞って知っていますか?
  7. 化学と工業
  8. 高速エバポレーションシステムを使ってみた:バイオタージ「V-10…

コメント、感想はこちらへ

注目情報

ピックアップ記事

  1. 君はPHOZONを知っているか?
  2. クラレが防湿フィルム開発の米ベンチャー企業と戦略的パートナーシップ
  3. 芳香族化合物のスルホン化 Sulfonylation of Aromatic Compound
  4. 各ジャーナル誌、続々とリニューアル!
  5. フッ素ドープ酸化スズ (FTO)
  6. ChemDraw の使い方【作図編④: 反応機構 (前編)】
  7. 酸素と水分をW保証!最高クラスの溶媒:脱酸素脱水溶媒
  8. ナトリウムトリス(1,1,1,3,3,3-ヘキサフルオロイソプロポキシ)ボロヒドリド:Sodium Tris(1,1,1,3,3,3-hexafluoroisopropoxy)borohydride
  9. 学士院賞:数論幾何学の加藤和也京大大学院教授ら10人に
  10. 高分子/金属・無機界面の相互作用と接着・密着性、耐久性の向上【終了】

関連商品

注目情報

注目情報

最新記事

Carl Boschの人生 その2

Tshozoです。前回の続き、早速参ります。筆者のフォルダが火を噴く動画集 おそらく現存…

トヨタ、世界初「省ネオジム耐熱磁石」開発

トヨタは、今後急速な拡大が予想される電動車に搭載される高出力モーターなど様々なモーターに使用されるネ…

触媒のチカラで拓く位置選択的シクロプロパン合成

嵩高いコバルト錯体を触媒として用いた位置選択的Simmons–Smith型モノシクロプロパン化反応が…

「原子」が見えた! なんと一眼レフで撮影に成功

An Oxford University student who captured an image…

2018年3月2日:ケムステ主催「化学系学生対象 企業合同説明会」

2月も後半となり、3月1日の就活解禁に向けて、2019年卒業予定の学生のみなさんは、就活モードが本格…

高専シンポジウム in KOBE に参加しました –その 2: 牛の尿で発電!? 卵殻膜を用いた燃料電池–

1 月 27 日に開催された第 23 回 高専シンポジウム in KOBE の参加報告の後編です。前…

Chem-Station Twitter

PAGE TOP