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MacでChem3Dー新たなる希望ー

 

image.png

有機化学者のキラーアプリと言えばChemDrawですよね。筆者も大学四年生の時から利用しています。当時はChemDrawのためにMacintoshを導入した研究室も多いのではないでしょうか。しかしその後Windowsにも対応し、現在ではWindows版の方が厚遇されており、ようやく使い物になるようになりましたが Mac版では不具合が多かったのは以前ご紹介された通りです(記事:Macユーザーに朗報?ChemDrawバージョンアップ)。何よりも不便なのがChem3D(現行はChemBio3D)が完全にWindows専用になってしまったこと。筆者は大学の講義で3Dを利用したい時はWindows機を持ち出しておりましたが、この不便な現状をなんとかしたいと常々思っており、試行錯誤の末不格好ではありますがなんとか使える術を見いだしました。

 

Mac版の開発はほとんど期待できないので、残るはWindows用のアプリをなんとか利用するしかありません。最近のMacにはBootCampというWindowsのエミュレーション環境が 用意されていますが、これはWindowsを起動しなおす必要があるので最終手段。次に ParallelsFusionを使えば利用可能ですが、こちらも別途WindowsのOSを用意する必要があり出費が嵩みます。次の候補としてCrossOverがありますが、今のところChem3Dのインストールをサポートしていないようです(筆者もトライしましたが断念しました)。いずれにしても新たにChem3DのWindows版ライセンスを新たに購入する必要がありますので出費はバカになりません。

そして筆者が行き着いたのが、Wineという無料のエミュレータです(Intel Macのみ対応)。こちらは WindowsOSを使用せず、純正のX11というエミュレーション環境にWindowsのアプリ ケーションをインストールする為のアプリケーションと考えてもらえばいいと思います。 しかしこのWineも操作が素人には難解なので、かなり苦労します。そこで更にWineを簡単に操作してくれるアプリとして紹介したいのが、Mikuinstallerです。こちらはその名前からお分かりのように初音ミクというアプリをMacにインストールするために開発されたものです。既に開発は終了しているようですがLionでも問題なく利用出来ます。

それでは以下にChem3DをIntel Macで使用する為の手順について解説したいと思います。インストールするために用意するものとして、

Intel Mac (OS10.7.2:X11がインストール済みであること。10.6でも動作確認しています。)
Chem3Dインストールディスク: 既に使わなくなった昔のバージョンであれば著作権上も問題無いでしょう。今回は7.0.0を使用。
Mikuinstaller

以上です。研究室で埃をかぶっているdiskを探し出せば全て無料でできちゃいます。

まずMikuinstaller-20080803.dmgをリンク先から入手してインストールしましょう。アプリケーションフォルダにコピーするだけでよいです。 次にMikuinstallerを起動し、メニューの環境設定を選択し、+をクリックしてフォルダ名を入力します(何でも可)。するとWineを起動するプレフィックスが自動的に構築されます。winecfgをクリックすると設定が確認できます。Wineについてによるとバージョンは1.1.2となっています。

miku.png
ユーザー/Apprication support/Mikuinstaller/c-driveというフォルダが作られますので、このフォルダのエイリアスを作っておくと今後便利です。

さて、次にChem3DインストールCDにあるsetup.exeをダブルクリックしましょうMikuinstallerをインストー ルしておくことで、.exeの拡張子をもつファイルは自動的に処理してくれます。 X11が起動し、インストーラの指示に従えば簡単にインストール完了です。ChemDrawも当然インストール可能ですが、不要なプラグインはチェックを外しておきましょう。Mikuinstallerでの処理が終わるまではインストール中ですので、処理が終わるまでほんの少し待ちましょう。ChemDrawのインス トールディスクがハイブリッドの場合は、Macでは自動的に異なるパーティションが読み込まれてしまうので、Windows機にてディスクの内容をUSBなどにコピーしておきましょう。

installer.png

インストール先はc-driveのProgram Filesフォルダですので、ここでChem3D.appChemOfficeフォルダのChem3Dフォルダ内にあるChem3D.exe(2011.12.21訂正)を探してエイリアスを作っておきましょう。ただし、こちらのエイリアスは書類扱いなのでDockのアプリの欄には加えることができません。また不要になった際はProgramFilesフォルダから削除してください。
以降はChem3D.exeもしくはエイリアスをダブルクリックすればX11上で起動します。MM2Molecular Dynamicsも問題無く動きますので、簡易的な構造最適化にもばっちり使えます。

Chem3D.png

これで晴れてChem3Dが使えるようになった訳ですが、問題が無いわけではありません。 X11上ではテキスト以外はコピー&ペーストが使えません。よってChemDrawで構造式を描いてコピーしてからChem3Dでペーストという技が使えません。Chem3DではChemDraw形式のファイルを読み込むことは可能なので、少し手間は掛かりますがChemDrawで構造式を作成し一旦セーブしたファイルを読み込む事でChem3Dで描く手間は省けます。またChem3Dで書いた構造式もコピー出来ませんので、必要であればPDBMOL形式で書き出して使うとよいでしょう。X11上での画像のコピー&ペーストが可能なアプリもありますので、この点は残念です。

PDBやMOL形式で書き出した構造式はMacPyMOLなどで読み込めますので、より美しい3D構造を扱うことができるようになります。今は円高ですのでMacPyMOLはお買い得ではないでしょうか。

MacPyMOL.png
日頃からWindows環境をなんとかMac上で活用するべく試行錯誤しておりますが、これといった決め手が未だに見いだせておりません。
そこで今回はPCの更新と伴にお蔵入りになってしまった昔のChem3D (ChemDraw)のインストールディスクを再活用し、全て無料でかつ著作権上の問題も無い方法をご紹介いたしました。もちろん初音ミクを始めとする他のWindowsソフトもインストール可能です。比較的新しいソフトでインストールがうまくいかない場合はWineを新しいバージョンにするとインストールできる場合があるようですのでお試しください。茶腹も一時ということでご活用いただければ幸いです。
 

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有機合成化学が専門。主に天然物化学、ケミカルバイオロジーについて書いていきたいと思います。
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