[スポンサーリンク]

一般的な話題

結晶データの登録・検索サービス(Access Structures&Deposit Structures)が公開

[スポンサーリンク]

ケンブリッジ結晶学データセンターとFIZ Karlsruhe は,無償で利用できる結晶データの登録・検索サービスAccess StructuresとDeposit Structuresを開始しました。さっそくこのサービスについて解説していきます。

結晶構造とは

そもそも結晶構造とはその名の通り結晶の構造で、食塩の結晶は面心立方格子であることを高校の化学で勉強します。一方で新しい結晶の構造を解明することは重要で、生体高分子や、電池、触媒、磁性体の分野で盛んに結晶構造に関する研究が行われています。結晶構造を検索することは構造式ほど容易ではなく、構造式の場合は化学名をGoogleで検索するとすぐにWikipediaや化学構造サイトで知ることができますが、結晶構造の場合は、各学会や研究室がそれぞれの分野に関する結晶構造を公開しているものの横断的なデータベースは見たことがありませんでした。そこで、このAccess Structuresを使うと簡単に結晶構造を調べることができ、Web上で3D画像の閲覧や結晶学の共通データフォーマットであるCIF形式のファイルのダウンロードを行うことができます。

開発組織

Access StructuresとDeposit Structuresを開発したのはケンブリッジ結晶学データセンター(The Cambridge Crystallographic Data Centre, CCDC)とFIZ Karlsruhe – Leibniz Institute for Information Infrastructure (FIZ Karlsruhe) で、CCDCはケンブリッジ大学化学科を源流とする非営利団体で世界最大の分子性結晶構造データベース、ケンブリッジ結晶構造データベース(CSD)を構築してきました。一方のFIZ Karlsruheは、ドイツ最大の科学技術情報を取り扱う非営利団体の一つとして無機結晶構造データベース (ICSD)を提供してきました。2017年に両者が共通の検索ポータルを共同で開発するとのアナウンスがあり、その共同開発により今回紹介するAccess StructuresとDeposit Structuresが2018年の7月にリリースされました。

使い方

検索サイトであるAccess Structuresでは、化学の全分野における結晶構造を網羅的に検索することができます。Access Structuresにアクセスすると下記のような検索画面が表示されます。もしも、構造を知りたい結晶のデータベース番号がわかっていれば、確実に検索でヒットします。論文名やDOI、発行年、著者でも検索できますが、データベースに登録されていないとヒットしません。化合物名や構造名からでも検索でき、誘導体も含めて検索結果に表示されます。

検索画面

検索結果では、ID名をクリックすると詳細画面に移りますし、複数チェックして「View Selected」をクリックすると複数の結晶構造がタブに入った検索画面になります。「Download Selected」では、連絡先を入力後、選択した結晶のCIFファイルをダウンロードできます。

ビタミンC=L-Ascorbic acidの検索結果

MOF-5の検索結果:化合物名でなくてもヒットします。

ゼオライトの一つであるZSM-5の検索結果:無機構造物でも検索されます。

詳細画面では結晶の情報や構造式、論文の掲載元などを確認できます。HTML5形式で作られている3D viewerは様々な機能があり、結合角や距離の計測、GIFなどの画像形式への書き出しも可能です。

L-Ascorbic acid誘導体の詳細画面

ゼオライトZSM-5の詳細画面:構造式では表現しにくい結晶ほど、結晶構造が重要です。

CSDのライセンスを持っている場合にはAdvanced Searchの機能である部分構造検索や、分子間相互作用、分子ジオメトリーを指定した検索、検索結果の統計処理(ヒストグラム表示,分散図,ヒートマップ表示)などを行うことできます。

構造の検索画面

Web上での解析には限界があるようで、有機化合物の解析には、Mercuryを使う方が便利なようです。MercuryはCSDライセンスを登録すると全ての機能が使えるようになりますが、無料でも十分使え、Access Structuresの3D viewerよりも軽快に動作します。

Mercuryを使って描画したMOF-5の構造

Deposit Structuresでは結晶構造をデータベースに登録することができます。作成者の情報とともに結晶構造のデータをアップロードすると、2営業日以内にIDが結晶構造に付与されて、Access Structuresで検索できるようになります。CCDC では,結晶構造解析したすべての構造のうち,15%くらいしか論文に発表されていないのではないかと見積もっていて、多くの結晶構造データは公表されないままになっていると考えています。結晶データを有効に活用するために論文投稿する予定のない結晶データ(CIF)もDeposit Structures への登録を研究者の皆様にお願いしています。

結晶データ登録プロセスと要件

使ってみた感想ですが今までは、結晶構造を検索することは個々のデータベースを探す必要があり敷居が高いイメージがありましたが、このAccess Structuresでは簡単に結晶データを取り扱うことができるように感じました。単純に結晶構造を眺めてみることから反応機構の考察のための解析など、応用範囲が広いサービスだと思います。このツールにより多くの結晶構造が登録されれば、結晶を専門とする研究者だけでなく幅広い分野で結晶についての議論が深まるのではないかと期待しています。

関連書籍

関連リンク

Zeolinite

Zeolinite

投稿者の記事一覧

ただの会社員です。某企業で化学製品の商品開発に携わっています。社内でのデータサイエンスの普及とDX促進が個人的な野望です。

関連記事

  1. グラフィカルアブストラクト付・化学系ジャーナルRSSフィード
  2. マイクロ波の技術メリット・事業メリットをお伝えします!/マイクロ…
  3. 自己組織化ホスト内包接による水中での最小ヌクレオチド二重鎖の形成…
  4. 第94回日本化学会付設展示会ケムステキャンペーン!Part I
  5. 鴻が見る風景 ~山本尚教授の巻頭言より~
  6. 有機合成化学協会誌2019年12月号:サルコフィトノライド・アミ…
  7. 有機合成化学協会誌2021年9月号:ストリゴラクトン・アミド修飾…
  8. アメリカで Ph.D. を取る –奨学金を申請するの巻–

コメント、感想はこちらへ

注目情報

ピックアップ記事

  1. PACIFICHEM2010に参加してきました!④
  2. 実験ワイプとタオルをいろいろ試してみた
  3. ハロルド・クロトー Harold Walter Kroto
  4. 学部生にオススメ:「CSJ カレントレビュー」で最新研究をチェック!
  5. Hazardous Laboratory Chemicals Disposal Guide
  6. MAC試薬 MAC Reagent
  7. クリスティーナ・ホワイト M. Christina White
  8. ニッケル触媒でアミド結合を切断する
  9. とある農薬のはなし「クロロタロニル」について 
  10. 蛍光と光増感能がコントロールできる有機ビスマス化合物

関連商品

ケムステYoutube

ケムステSlack

月別アーカイブ

2018年8月
« 7月   9月 »
 12345
6789101112
13141516171819
20212223242526
2728293031  

注目情報

注目情報

最新記事

有機合成化学協会誌2022年1月号:無保護ケチミン・高周期典型金属・フラビン触媒・機能性ペプチド・人工核酸・脂質様材料

有機合成化学協会が発行する有機合成化学協会誌、2022年1月号がオンライン公開されました。本…

第167回―「バイオ原料の活用を目指した重合法の開発」John Spevacek博士

第167回の海外化学者インタビューは、ジョン・スペヴァセック博士です。Aspen Research社…

繊維強化プラスチックの耐衝撃性を凌ぐゴム材料を開発

名古屋大学大学院工学研究科有機・高分子化学専攻の 野呂 篤史講師らの研究グループは、日本ゼオンと共同…

反応化学の活躍できる場を広げたい!【ケムステ×Hey!Labo 糖化学ノックインインタビュー②】

2021年度科学研究費助成事業 学術変革領域研究(B)に採択された『糖鎖ケミカルノックインが拓く膜動…

UiO-66: 堅牢なジルコニウムクラスターの面心立方格子

UiO-66 は六核ジルコニウムオキシクラスターを SBU に持ち、高い熱安定性 · 化学安定性を示…

危ない試薬・面倒な試薬の便利な代替品

実験室レベルでは、未だに危険な試薬を扱わざるを得ない場合も多いかと思います。tert…

赤外線の化学利用:近赤外からテラヘルツまで

(さらに…)…

【誤解してない?】4s軌道はいつも3d軌道より低いわけではない

3d 遷移金属は、多くが (3d)n(4s)2 という中途半端に 3d 軌道が埋まったまま 4s 軌…

第六回ケムステVプレミアレクチャー「有機イオン対の分子設計に基づく触媒機能の創出」

新型コロナ感染者数が爆増し、春の学会がまたほとんどオンラインになりました。残念で…

生体医用イメージングを志向した第二近赤外光(NIR-II)色素:③その他の材料

バイオイメージングにおけるの先端領域の一つである「第二近赤外光(NIR-II)色素」についての総説を…

Chem-Station Twitter

実験器具・用品を試してみたシリーズ

スポットライトリサーチムービー

PAGE TOP