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化学者のつぶやき

電子ノートSignals Notebookを紹介します!④

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今回は、先日の記事(↓)で紹介し切れなかった、Signals NotebookのMaterials機能の詳細について、ご紹介と使い方の説明をしてきます。

前回記事:IASO R7の試薬データベースを構造式検索できるようにしてみた

今回は「Materials運用編」ということで、ユーザー向けの使用法解説記事になります!

 

0.     Materials機能のアクティベーション

まずはMaterials機能をアクティベートする必要があります。これは、Revvity Japan担当者に問い合わせれば設定して頂けます。

1.     Materialsへの化合物一括登録(試薬データベースのコピー)

まずは、試薬の一括登録方法の説明です。IASOなどのデータベースからSDFファイルが作成できた状態から解説スタートです。(SDFファイルを作る方法はこちら。)
Signals NotebookからMaterialsを選択し、Reagent (SNB)▼を選択します。続いてファイルブラウジング画面になるので、SDFファイルを選択。

 

医薬品ライブラリーなど、化合物ライブラリーを登録したい場合はReagent (SNB)ではなく、Compoundsに登録すると良いです。
医薬品ライブラリーと合成品ライブラリーはごちゃ混ぜにしたくないと思うので、Configuration → Materialsから、+ New Material Typeを選択し、新しいMaterialsライブラリーを作成してください。

 

2. 合成品の登録とライブラリー化

一連の流れは以下↓

・実在するサンプルを合成したノート番号を確認し Signals Notebook で開く
・Close してあった場合 Reopen する
・Add Content → Samples → Type = Chemical Sample → Select… Product → Create
・Amount(残存量)を入力 して、Sample を登録する
・必須ではないが、その後Internal Reference機能を使って合成品の情報を別のノートに読み込みたい場合は、Sample Table中のChemcal Nameをダブルクリックしてわかりやすい名前に編集しておくと良い。
・Materials に登録するサンプルの左の「≡」をクリック
・Register Material

以下図解

Add Content Samples

Select Ssample Type

Select Sample

Amlount入力

わかりやすい名前に書き換え

Register Material

 

3. 登録した化合物のInternal Referenceによる管理

その後、別のExperimentで登録した化合物を使いたい場合、Quick Addから、登録名の文頭を入力し、いくらか入力するとヒットする化合物が<Samples>として表示される。これをクリック。

Quick Add

 

登録した化合物がでてくるので、サムネイルにカーソルをあわせてスキームまたはグリッドに追加する。

上部のスキーム・グリッドに追加ボタンで追加

 

以上で、どのロットのサンプルを使ったのか管理出来ます。残念ながら残量を自動計算する機能はありませんが、どれくらいサンプルが使われているのかはすぐに把握することが出来ます。

 

4. ラボ内のサンプル(財産)に共通ラベルをつける

ラベル名を一元化することで、人によるネーミングのブレをなくし、誰でもサンプル情報にアクセスし易い環境を整えます。筆者は図のようなネーミング方法を取っており、MY3_0001がノート番号、HLC_0184が化合物ライブラリー通し番号です。サンプル量も必ず記入しています。

ノート番号と化合物番号の表記

 

5. サンプル保管場所はラボ内で明確に!

在籍中でアクティブにサンプルを利用している人はもちろん自分でサンプルを所持していてよいのですが、卒業生のサンプルや、プロジェクトが終わってすぐには使わなくなったサンプルで、ラボメンバーが使う可能性があるものは共通の冷凍庫などにしまっておくと探すのが楽です。

共有サンプル保管庫

 

6. おわりに

システム構築は済んだものの、あとは利用者が意識して日々登録してくれることが重要になります。常に来を回せる人はほぼいないのではないかと思うので、プロジェクト終了後や卒業直前などにサンプルを登録し、引き継ぐのが良いと思います。
Reagent (SNB)に登録した試薬ライブラリーは、構造検索できるので、反応開発のSubstrate Scopeなどで猛威をふるいます。こんな試薬あったんだというものも決して少なくなく、使われていなかった試薬の発掘にかなり重宝しています。
ここまで読んで頂きありがとうございます!

 

7. 過去記事アップデートのご案内

過去記事でChemCellを利用したSMILESの取得方法を解説しました。しかしこの方法は処理速度の遅さと、取得率の低さに問題がありました。
そこで、Pythonを使った、より高速かつ高精度な方法を過去記事に追記しましたので、ぜひ読んでみてください!

 

関連リンク

電子実験ノートSignals Notebookを紹介します ①
電子実験ノートSignals Notebookを紹介します ②
電子実験ノートSignals Notebookを紹介します ③
IASO R7の試薬データベースを構造式検索できるようにしてみた

Macy

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有機合成を専門とする教員。将来取り組む研究分野を探し求める「なんでも屋」。若いうちに色々なケミストリーに触れようと邁進中。

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