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化学者のつぶやき

電子実験ノートSignals Notebookを紹介します ②

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前回に引き続き(間がだいぶ空いてしまいましたが、、、)

Signals Notebookの使い方解説(兼宣伝)をしていきます。

今回のテーマは「検索機能を使いこなす」です!

 

Signals Notebookで検索できるもの

✔︎構造式

✔︎キーワード(試薬、実験操作、使用機器などなど)

✔︎アップロードしたファイルの名前

✔︎ファイル内の内容(text)

✔︎他のユーザーの実験ノート

 

それでは、実際の検索画面や便利な使い方を紹介していきます!

Quick Search

Quick Search

Signals NotebookのQuick Search Barで検索

Quick Searchでは、簡単なテキスト検索をかけることができます。

例えば、ユーザー名やノート名を入力して、そのユーザーの仕事をパッと表示するのなんかに最適です。

✔︎高度な絞り込みが必要な検索には向きませんが、高度な検索の1発目と考えることもできます。

というのも、Quick Searchで検索したあとは、Search画面のテキスト検索をかけた状態になるからです。それでは次の詳細サーチ画面

Quickサーチ後の表示画面: まず大まかな検索をしてから詳細に絞り込む

検索をかけるとこのようにサムネイル式で表示されます。

一応detail viewとかlist viewが用意されていますが、ぶっちゃけサムネイルが一番使いやすいです。

この中で重要な機能についてまとめておきます。

①より詳細な検索

この使い方が最初わかりづらかったのですが、理解すれば非常に高機能。
1. Add filterを押してリストを表示
✔︎Chemical: 構造式検索
✔︎key→State: ClosedかActiveの絞り込み(後でもできる)
✔︎Type: Text, PDF, Chemical Drawing, Experimentなどのドキュメントタイプを指定できる
✔︎他にも色々、大体なんでもありますが、実際ある程度検索をかけたらあとはサムネ表示のリストを見た方が速いです。

Add filterの中でも特に優秀な絞り込み機能: Type, Reactant, Chemical

※注意点1: Parent, Self, Child機能(図2・3右上)

図2, 3の右上にParentとかSelfといった文字が書いてありますが、これはプルダウンメニューです。

✔︎Parent: 検索条件を包括しているコンテンツを表示

✔︎Self; 検索条件を含むコンテンツそのものを表示

✔︎Child: 検索条件に引っ掛かったコンテンツの中に入っているコンテンツを表示

※注意点2: Enter text to search欄の消し忘れ(図1上部、テキスト検索欄)

ちゃんと調べているはずなのに、欲しい実験がヒットしないなぁおかしいなぁと思ったら、ここをチェック。

大体前に検索した条件が保存されていて、二重検索になり両方満たさないと引っかかりません。

共通点のない検索項目が重なった時はno resultと表示されて焦ります(笑

②. Sort by [ best match, name, created, modified ]

✔︎best match: 名前の通り、SciFinderのrelevanceのようなソート方式

✔︎name: 名前順に並べる
✔︎created: 作成日順に並べる
✔︎modified: 更新日順に並べる

best match以外は昇順降順の変更が可能。個人的にはcreatedが第1、modifiedが第2オプションです。ただ、デフォルトがBest matchになっていてデフォルトを変えることは現行バージョンではできないようです。デフォルト設定をcreateにしたいですねー

とにかく色々絞り込み機能がありますが、分子量を指定するとか、とてつもなく膨大な化合物ライブラリーでもsignalsで管理していれば意味あると思いますが、通常利用している分には必要ないですね。ちょっと脱線しますが、筆者の大学ではIASOという試薬管理システムを使っていますが、構造検索ができないのが最大の弱点。Signalsを試薬管理用に本気で最適化すれば、構造で検索もできる最強の試薬管理データベースになりそうだなと感じました。(PerkinElmerさんともちょっと話しました。)

 

具体的な使用例①: 収率入りのスキームをサムネイルで並べる

ユーザー名検索 → Add filter → type → Chemical Drawing

ユーザーのアクティビティーを調べたい時自分の実験を俯瞰したい時に非常に便利な検索方法です。スキームと収率をサムネイル式で見ることができます。

 

具体的な使用例②: 論文に掲載する実験ノートをお気に入り保存

構造式検索 → closed → control Fでページ内検索 → お気に入り登録

まず、反応条件の部分構造を検索します。そして、サムネイル上でclosedを選択してcloseしてあるノートのみに絞り込みます。サムネイル上で絞り込むことができる項目は以下↓↓↓。

✔︎サムネイル中のactive/closedをクリックしてフィルターをかける

✔︎サムネイル中の星マークのクリックでお気に入り登録する

✔︎サムネイル中のCreated byのユーザー名をクリックして作成者でフィルターをかける

サムネ中でクリックできる場所: 星マーク, ACTIVE/CLOSED, Created by

 

構造検索は、複雑な構造ほど全部書くのはめんどくさいので、部分構造でひっかけることが多いです。Descriptionに書かれている文字はページ内検索で引っかかるので、さくっと絞り込みできます。

また、構造検索にはChemDrawのクリップボードからコピペすることもできるので、すでに構造式を書いてあるChemDrawを開いてコピーするのも手です。

これだけでも論文をまとめる際に死ぬほど楽でびっくりしました。
加えて、必要となるNMR, MS, 旋光度, アッセイデータなど一つのノートにまとめてしまうと本当に楽です。
アッセイデータなどは、アッセイ用の実験ノートを別に作るかもしれないので、その場合はそちらにアッセイデータを載せれば良いです。
その時に、有機合成と生物活性の両ノートを相互リンクで紐付けしておくとさらに便利。
筆者は、ノート冒頭にPurposeという自由記入欄を設けていて、ここにリンクを書いています。

相互リンク

具体的な使用例③: Notebookの簡易検索

Notebookを選択 → 上部のFilterのテキストボックスにDescriptionに記載されたキーワードまたはノート番号をピンポイントにを入力

NotebookやExperimentを表示した時に上に出る検索バー

ここの検索では、Description内のテキストExperimentのタイトル; つまりノート番号を検索します。

あくまでもNotebookを選択した時に出てくるサムネ上のテキストを検索する機能なので、その中に入っているコンテンツのテキストは引っかかりません。Notebook_Selfモードの検索というわけですね。

✔︎ブラウザの検索機能と何が違うの?

ノートは1ページに50個表示されるだけなので、それ以降は同ページ内に表示されていません。これではcontrol Fの検索機能では引っかかりません。そこで、Notebook内全体を一気に検索してくれるのがこのFilter機能。例えば、何度も見ていてノート番号を覚えてしまっているノートなんかは、そのノートの番号を打てばすぐに表示されます。

 

さてさて、いかがでしたでしょうか。今回はここでおしまいにしましょう。また次回、便利な使い方を紹介できたらと思います。

 

関連リンク

電子実験ノートSignals Notebookを紹介します ①

Macy

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有機合成を専門とする教員。将来取り組む研究分野を探し求める「なんでも屋」。若いうちに色々なケミストリーに触れようと邁進中。

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