[スポンサーリンク]

化学者のつぶやき

電子実験ノートSignals Notebookを紹介します ②

[スポンサーリンク]

前回に引き続き(間がだいぶ空いてしまいましたが、、、)

Signals Notebookの使い方解説(兼宣伝)をしていきます。

今回のテーマは「検索機能を使いこなす」です!

シリーズ一覧

電子実験ノートSignals Notebookを紹介します ①

電子実験ノートSignals Notebookを紹介します ②

電子実験ノートSignals Notebookを紹介します ③

IASO R7の試薬データベースを構造式検索できるようにしてみた

 

Signals Notebookで検索できるもの

✔︎構造式

✔︎キーワード(試薬、実験操作、使用機器などなど)

✔︎アップロードしたファイルの名前

✔︎ファイル内の内容(text)

✔︎他のユーザーの実験ノート

 

それでは、実際の検索画面や便利な使い方を紹介していきます!

Quick Search

Quick Search

Signals NotebookのQuick Search Barで検索

Quick Searchでは、簡単なテキスト検索をかけることができます。

例えば、ユーザー名やノート名を入力して、そのユーザーの仕事をパッと表示するのなんかに最適です。

✔︎高度な絞り込みが必要な検索には向きませんが、高度な検索の1発目と考えることもできます。

というのも、Quick Searchで検索したあとは、Search画面のテキスト検索をかけた状態になるからです。それでは次の詳細サーチ画面

Quickサーチ後の表示画面: まず大まかな検索をしてから詳細に絞り込む

検索をかけるとこのようにサムネイル式で表示されます。

一応detail viewとかlist viewが用意されていますが、ぶっちゃけサムネイルが一番使いやすいです。

この中で重要な機能についてまとめておきます。

①より詳細な検索

この使い方が最初わかりづらかったのですが、理解すれば非常に高機能。
1. Add filterを押してリストを表示
✔︎Chemical: 構造式検索
✔︎key→State: ClosedかActiveの絞り込み(後でもできる)
✔︎Type: Text, PDF, Chemical Drawing, Experimentなどのドキュメントタイプを指定できる
✔︎他にも色々、大体なんでもありますが、実際ある程度検索をかけたらあとはサムネ表示のリストを見た方が速いです。

Add filterの中でも特に優秀な絞り込み機能: Type, Reactant, Chemical

※注意点1: Parent, Self, Child機能(図2・3右上)

図2, 3の右上にParentとかSelfといった文字が書いてありますが、これはプルダウンメニューです。

✔︎Parent: 検索条件を包括しているコンテンツを表示

✔︎Self; 検索条件を含むコンテンツそのものを表示

✔︎Child: 検索条件に引っ掛かったコンテンツの中に入っているコンテンツを表示

※注意点2: Enter text to search欄の消し忘れ(図1上部、テキスト検索欄)

ちゃんと調べているはずなのに、欲しい実験がヒットしないなぁおかしいなぁと思ったら、ここをチェック。

大体前に検索した条件が保存されていて、二重検索になり両方満たさないと引っかかりません。

共通点のない検索項目が重なった時はno resultと表示されて焦ります(笑

②. Sort by [ best match, name, created, modified ]

✔︎best match: 名前の通り、SciFinderのrelevanceのようなソート方式

✔︎name: 名前順に並べる
✔︎created: 作成日順に並べる
✔︎modified: 更新日順に並べる

best match以外は昇順降順の変更が可能。個人的にはcreatedが第1、modifiedが第2オプションです。ただ、デフォルトがBest matchになっていてデフォルトを変えることは現行バージョンではできないようです。デフォルト設定をcreateにしたいですねー

とにかく色々絞り込み機能がありますが、分子量を指定するとか、とてつもなく膨大な化合物ライブラリーでもsignalsで管理していれば意味あると思いますが、通常利用している分には必要ないですね。ちょっと脱線しますが、筆者の大学ではIASOという試薬管理システムを使っていますが、構造検索ができないのが最大の弱点。Signalsを試薬管理用に本気で最適化すれば、構造で検索もできる最強の試薬管理データベースになりそうだなと感じました。(PerkinElmerさんともちょっと話しました。)

 

具体的な使用例①: 収率入りのスキームをサムネイルで並べる

ユーザー名検索 → Add filter → type → Chemical Drawing

ユーザーのアクティビティーを調べたい時自分の実験を俯瞰したい時に非常に便利な検索方法です。スキームと収率をサムネイル式で見ることができます。

 

具体的な使用例②: 論文に掲載する実験ノートをお気に入り保存

構造式検索 → closed → control Fでページ内検索 → お気に入り登録

まず、反応条件の部分構造を検索します。そして、サムネイル上でclosedを選択してcloseしてあるノートのみに絞り込みます。サムネイル上で絞り込むことができる項目は以下↓↓↓。

✔︎サムネイル中のactive/closedをクリックしてフィルターをかける

✔︎サムネイル中の星マークのクリックでお気に入り登録する

✔︎サムネイル中のCreated byのユーザー名をクリックして作成者でフィルターをかける

サムネ中でクリックできる場所: 星マーク, ACTIVE/CLOSED, Created by

 

構造検索は、複雑な構造ほど全部書くのはめんどくさいので、部分構造でひっかけることが多いです。Descriptionに書かれている文字はページ内検索で引っかかるので、さくっと絞り込みできます。

また、構造検索にはChemDrawのクリップボードからコピペすることもできるので、すでに構造式を書いてあるChemDrawを開いてコピーするのも手です。

これだけでも論文をまとめる際に死ぬほど楽でびっくりしました。
加えて、必要となるNMR, MS, 旋光度, アッセイデータなど一つのノートにまとめてしまうと本当に楽です。
アッセイデータなどは、アッセイ用の実験ノートを別に作るかもしれないので、その場合はそちらにアッセイデータを載せれば良いです。
その時に、有機合成と生物活性の両ノートを相互リンクで紐付けしておくとさらに便利。
筆者は、ノート冒頭にPurposeという自由記入欄を設けていて、ここにリンクを書いています。

相互リンク

具体的な使用例③: Notebookの簡易検索

Notebookを選択 → 上部のFilterのテキストボックスにDescriptionに記載されたキーワードまたはノート番号をピンポイントにを入力

NotebookやExperimentを表示した時に上に出る検索バー

ここの検索では、Description内のテキストExperimentのタイトル; つまりノート番号を検索します。

あくまでもNotebookを選択した時に出てくるサムネ上のテキストを検索する機能なので、その中に入っているコンテンツのテキストは引っかかりません。Notebook_Selfモードの検索というわけですね。

具体的な使用例④: よく使う検索条件をお気に入り登録(2024/03/22追記)

検索ウインドウの左上についているブックマークをクリックしてAdd bookmarkを選択すると、その時の検索セットをブックマークに保存することができます。
毎回検索項目を選び直すのは大変ですが、いらない検索条件を×印クリックで消すのは簡単なので、Bookmarkを呼び出して検索内容を整えて行くのが楽です。
下記写真では、自分のノートを検索するデフォルトの検索セットの一例となります。

 

✔︎ブラウザの検索機能と何が違うの?

ノートは1ページに50個表示されるだけなので、それ以降は同ページ内に表示されていません。これではcontrol Fの検索機能では引っかかりません。そこで、Notebook内全体を一気に検索してくれるのがこのFilter機能。例えば、何度も見ていてノート番号を覚えてしまっているノートなんかは、そのノートの番号を打てばすぐに表示されます。

 

さてさて、いかがでしたでしょうか。今回はここでおしまいにしましょう。また次回、便利な使い方を紹介できたらと思います。

 

関連リンク

・電子ノートSignals Notebookを紹介します!

Macy

投稿者の記事一覧

有機合成を専門とする教員。将来取り組む研究分野を探し求める「なんでも屋」。若いうちに色々なケミストリーに触れようと邁進中。

関連記事

  1. 「日本研究留学記: オレフィンの内部選択的ヒドロホルミル化触媒」…
  2. ケミストリー四方山話-Part I
  3. アイルランドに行ってきた②
  4. 可視光で芳香環を立体選択的に壊す
  5. 3Mとはどんな会社? 2021年版
  6. 令和4年度(2022年度)リンダウ・ノーベル賞受賞者会議派遣事業…
  7. 自動フラッシュ精製システムにリモート化オプション!:Selekt…
  8. 異なる“かたち”が共存するキメラ型超分子コポリマーを造る

コメント、感想はこちらへ

注目情報

ピックアップ記事

  1. 特許やぶりの女王 弁理士・大鳳未来
  2. リスト・バルバス アルドール反応 List-Barbas Aldol Reaction
  3. 日本初の化学専用オープンコミュニティ、ケムステSlack始動!
  4. 計算と実験の融合による新反応開発:対称及び非対称DPPEの簡便合成
  5. キャピラリー電気泳動の基礎知識
  6. 結晶格子の柔軟性制御によって水に強い有機半導体をつくる
  7. 英語発表に”慣れる”工夫を―『ハイブリッド型報告会』のススメ
  8. 論文のチラ見ができる!DeepDyve新サービス開始
  9. 第一回 福山透教授ー天然物を自由自在につくる
  10. フィッシャーカルベン錯体 Fischer Carbene Complex

関連商品

ケムステYoutube

ケムステSlack

月別アーカイブ

2020年9月
 123456
78910111213
14151617181920
21222324252627
282930  

注目情報

最新記事

一致団結ケトンでアレン合成!1,3-エンインのヒドロアルキル化

ケトンと1,3-エンインのヒドロアルキル化反応が開発された。独自の配位子とパラジウム/ホウ素/アミン…

ベテラン研究者 vs マテリアルズ・インフォマティクス!?~ 研究者としてMIとの正しい向き合い方

開催日 2024/04/24 : 申込みはこちら■開催概要近年、少子高齢化、働き手の不足…

第11回 慶應有機化学若手シンポジウム

シンポジウム概要主催:慶應有機化学若手シンポジウム実行委員会共催:慶應義塾大…

薬学部ってどんなところ?

自己紹介Chemstationの新入りスタッフのねこたまと申します。現在は学部の4年生(薬学部)…

光と水で還元的環化反応をリノベーション

第609回のスポットライトリサーチは、北海道大学 大学院薬学研究院(精密合成化学研究室)の中村顕斗 …

ブーゲ-ランベルト-ベールの法則(Bouguer-Lambert-Beer’s law)

概要分子が溶けた溶液に光を通したとき,そこから出てくる光の強さは,入る前の強さと比べて小さくなる…

活性酸素種はどれでしょう? 〜三重項酸素と一重項酸素、そのほか〜

第109回薬剤師国家試験 (2024年実施) にて、以下のような問題が出題されま…

産総研がすごい!〜修士卒研究職の新育成制度を開始〜

2023年より全研究領域で修士卒研究職の採用を開始した産業技術総合研究所(以下 産総研)ですが、20…

有機合成化学協会誌2024年4月号:ミロガバリン・クロロププケアナニン・メロテルペノイド・サリチル酸誘導体・光励起ホウ素アート錯体

有機合成化学協会が発行する有機合成化学協会誌、2024年4月号がオンライン公開されています。…

日本薬学会第144年会 (横浜) に参加してきました

3月28日から31日にかけて開催された,日本薬学会第144年会 (横浜) に参加してきました.筆者自…

実験器具・用品を試してみたシリーズ

スポットライトリサーチムービー

PAGE TOP