[スポンサーリンク]

化学者のつぶやき

階段状分子の作り方

[スポンサーリンク]

天然には多くの「面白い」構造を有する化合物が存在します。この「面白い」という言葉は、人それぞれ様々な意味あいを含めて使います。

例えば有機化合物の世界では、

1. 非常に複雑な構造が面白い。合成してみたい。
2. 物性、生物活性などが面白い。
3. なんだかよくわからないけど面白い。

などなど。1.の観点だけでも、このサイトでも紹介しているさいころ型分子キュバン(Cubane)、パックマンに似ている(見る人による?)カリオフィレンなどが挙げられるでしょう。

そういうわけで、世の中には「面白い」化合物が沢山存在するわけですが、今回紹介するペンタシクロアナモキシ酸 (Pentacycloanammoxic acid)は、階段構造を持った分子です(トップ図)。専門的に表現すると、シクロブタン環が5つcis配列で結合した分子です。面白ーっ!!

ryuku

もちろんこんな妙ちくりんな構造ですから、合成化学者にとっても興味を引かれる化合物。この分子はどこから来て、どのような性質を持っているのでしょうか?また、この分子はどのように作れば良いのでしょうか?

これから簡単に紹介いたします。

ペンタシクロアナモキシ酸について

細胞の脂質膜はイオンや代謝物の濃度勾配を形成可能とするため、細胞の機能に不可欠なものです。微生物の膜脂質には、脂肪族の三員環、五員環、六員環、七員環まで存在しますが、四員炭素環を持つ脂肪酸はこれまで天然からは見つかっていませんでした。

2002年にDamsteらは、2種類の嫌気的アンモニア酸化(アナモックス, Anammox)細菌の主要な膜脂質中にシクロブタン環を発見しました[1]。そのひとつが、ペンタシクロアナモキシ酸メチルエステルです。

この化合物は、アナモックス菌の代謝が行われる細胞質区画であるアナモキソーム(Anammoxome)の膜に存在します(図1)そこで脂質二重膜を形成しています。つまり、アナモキソームでは嫌気的アンモニア酸化が行われており、その内には細胞に有害な化学物質が存在します。ペンタシクロアナモキシ酸脂質膜は、それらを排出させない障壁として、さらに濃度勾配を維持する膜として機能しているわけです。

図2. アナモックス細菌細胞の脂質膜と嫌気的アンモニア酸化(論文[2]より引用)

図1. アナモックス細菌細胞の脂質膜と嫌気的アンモニア酸化(論文[1b]より引用)

ペンタシクロアナモキシ酸のような階段構造をもつ分子をラダラン(ladderane)分子といい、自然界では発見例が ありませんでした(人工分子としては、オプトエレクトロニクス分野での有望素材として知られています)。

ペンタシクロアナモキシ酸の全合成

ペンタシクロアナモキシ酸は合成化学的にみても「面白い」構造です。

合成戦略を考える際には、5つの連続したシクロブタン環をいかにして合成するかが鍵となります。以下のようなヘキサトリエン2分子が[2+2]光環化反応を起こせば、理論上、ラダラン分子は一挙に合成できます(図2)。しかし、ラダラン分子の構造は非常にひずんでおり、試験管のなかでの実施は困難です。

図2

図2

ハーバード大学・E. J. Coreyらはこの化合物の合成に挑戦し、2004年にはそのラセミ体合成を報告しました[2a]。概要は以下の通り (図3)。

 

シクロオクタテトラエンから既法に従い合成できる2環性化合物から2段階で上段中央の化合物へ誘導します。ここからシクロペンテノンとの[2+2]光環化反応、窒素保護基の除去を経て上段右の化合物を得ます。このカルボニル基を保護した後、再び光環化を行い、中段左の化合物を合成します。2段階の反応でα-ジアゾケトンへ誘導し、Wolff転位により環縮小させ、5つのシクロブタン環が接続したアルデヒドを合成しました。最後はWittig反応で側鎖を伸張することで、ペンタシクロアナモキシ酸のラセミ全合成を達成しました。

図3. ペンタシクロアナモキシ酸のラセミ全合成[2a]

図3. ペンタシクロアナモキシ酸のラセミ全合成[2a]

しかしこの合成経路では各所の収率が低いことが問題で有り、不斉全合成によりシクロブタン環根元の立体化学を明らかにする課題も残されていました。2年後に彼らはこれらを解決した、光学活性体の合成経路を報告しました[2b](図4)。

ラセミ体合成でも用いられた[2+2]光環化→Wolff転位を繰り返し使うことが鍵となっています。シクロブテン+シクロペンテノンノ組み合わせから図3と同様の経路を経て中段左のカルボン酸へと誘導します。このカルボン酸を除去して3環性シクロブテンを合成後、シランを結合させた光学活性シクロペンテノンと再び[2+2]環化を行います。これにより光学活性な形で5環性化合物がつくれます。この先はシリル基除去後図3と同様に合成し、ペンタシクロアナモキシ酸の不斉全合成を達成し、その絶対立体配置を決定できました。

図4. ペンタシクロアナモキシ酸の不斉全合成[2b]

図4. ペンタシクロアナモキシ酸の不斉全合成[2b]

以上、ペンタシクロアナモキシ酸について、の化学合成までを簡単に説明しました。が、この分子がどのように生体内でつくられているのか(生合成されているか)は、現在でもミステリアスな部分です。このような「面白い」構造の分子を生み出す自然界は、人間にとってまだまだ奧深い存在で有り続けることでしょう。

(※本記事は以前公開されていたものを加筆修正のうえ「つぶやき」に移行したものです)
(2006.2. 5  by ブレビコミン 2016.2.7 加筆修正 by cosine)

参考文献

  1. Damste, J. S. S.; Strous, M.; Rijpstra, W. I. C.; Hopmans, E. C.; Geenevasen, J. A. J.; van Duin, A. C. T.; van Niftrik, L. A.; Jetten, M. S. M.  Nature 2002, 419, 708. doi:10.1038/nature01128 ()DeLong, E. F. Nature 2002, 419, 676.
  2. (a) Mascitti, V.; Corey, E. J. J. Am. Chem. Soc. 2004, 127, 15664. DOI:10.1021/ja044089a (b) Mascitti, V.; Corey, E. J. J. Am. Chem. Soc.  2006, 128, 3118. DOI: 10.1021/ja058370g

外部リンク

Avatar photo

cosine

投稿者の記事一覧

博士(薬学)。Chem-Station副代表。国立大学教員→国研研究員にクラスチェンジ。専門は有機合成化学、触媒化学、医薬化学、ペプチド/タンパク質化学。
関心ある学問領域は三つ。すなわち、世界を創造する化学、世界を拡張させる情報科学、世界を世界たらしめる認知科学。
素晴らしければ何でも良い。どうでも良いことは心底どうでも良い。興味・趣味は様々だが、そのほとんどがメジャー地位を獲得してなさそうなのは仕様。

関連記事

  1. ユニークな名前を持つ配位子
  2. 【化学×AI・機械学習クラウド】実験科学者・エンジニア自身が実践…
  3. 人が集まるポスター発表を考える
  4. 大学入試のあれこれ ①
  5. 5/15(水)Zoom開催 【旭化成 人事担当者が語る!】202…
  6. Arcutine類の全合成
  7. マテリアルズ・インフォマティクスにおける分子生成の基礎と応用
  8. 化学者たちのエッセイ集【Part1】

注目情報

ピックアップ記事

  1. 大学入試のあれこれ ②
  2. 励起状態での配位結合解離を利用して二重CPLを示す分子を開発!
  3. カルボニル-エン反応(プリンス反応) Carbonyl-Ene Reaction (Prins Reaction)
  4. A-ファクター A-factor
  5. 大塚国際美術館
  6. 第125回―「非線形光伝播の基礎特性と応用」Kalai Saravanamuttu教授
  7. 有機反応を俯瞰する ー付加脱離
  8. 光延反応/Mitsunobu Reaction
  9. ディスコデルモライド /Discodermolide
  10. フィッシャー・スペイア エステル合成 Fischer-Speier Esterification

関連商品

ケムステYoutube

ケムステSlack

月別アーカイブ

2006年2月
 12345
6789101112
13141516171819
20212223242526
2728  

注目情報

最新記事

条件の「前後」も実験条件である【プロセス化学者のつぶやき】

前回まで1. 設定温度と系内の実温度のお話2. 温度値をどう判断するか3. 反応操作をし…

そのpH、“本当にその場所”の値ですか?ニードル式pHセンサーを使ってみた!

突然ですが、「培養の再現性がなんか悪い」「同じ条件のはずなのに結果がズレる」といった経験はあ…

「骨格編集」×「ナノカーボン合成」〜ナノカーボン合成の新戦略を実証〜

第719回のスポットライトリサーチは、名古屋大学大学院工学研究科(忍久保研究室)博士後期課程2年の平…

【書評】立体化学 はじめの一歩

立体化学は,分子の三次元構造を理解するための重要な分野であり,有機化学や…

水のシミュレーション入門 — 水分子を計算機の中でどう”描く”か —

身近なのに、計算機にとって手強い"水"。本記事では、点電荷モデルから機械学習まで、その"描き方"の進…

◆◇◆◇ 第36回フォーラム・イン・ドージン開催のご案内 ◆◇◆◇

同仁化学研究所が熊本から世界へ情報発信するフォーラム・イン・ドージンの開催ご案内です。今年は『な…

『力』による円偏光発光のon/off制御を単一分子レベルで実現

第718回のスポットライトリサーチは、東京科学大学 物質理工学院(相良研究室)博士後期課程2年の野中…

数日かかっていた反応機構解析を、わずか数分に!

機械学習ポテンシャルが変える計算化学の現在近年、DFT計算による反応機構解析は広く行われるよ…

海外ポスドクのオファーをもらう【アメリカで Ph.D. を取る: 進路編】

ポスドクとして海外に留学する場合、希望する研究室の教授に直接連絡を取り、面接などを通して適性を判断さ…

MDで観るトライボロジー 〜原子が擦れるその場をシミュレーション〜

軽くて強いのに摩耗に弱いチタン合金は、航空機や人工関節に広く使われています。原子が擦れ合うその場を分…

実験器具・用品を試してみたシリーズ

スポットライトリサーチムービー

PAGE TOP