[スポンサーリンク]

一般的な話題

分子構造を 3D で観察しよう (2)

前回は、直感的なメニューを使いながら Jmol を動かし、分子の表示を調節しました。今回(第 2 回)はコマンドを入力して操作したいと思います。

 

なぜ、わざわざコマンドで?

前回簡単だったのに、どうして? と思う方もいるかもしれませんが、これには理由があります。

Jmol には非常にたくさんの機能があります。しかし、メニューにそのすべてを放り込んでしまうと、どうなるでしょうか。機能が多すぎて全部表示してしまうとメニューがごちゃごちゃしてしまいますよね。メニューが膨大になると、使う側も探すのが大変になってしまいます。そこで、Jmol の場合は「本当によく使う機能だけをメニューに入れておくから、ほかはコマンドで操作してね」ということになっているのだと思います。

コマンドの場合は覚えるのは大変ですが、ほとんどの場合は自然な英語に近いですし、一度覚えればメニューから探すより圧倒的に速く使えるようになるはずです。そこで、今回はコマンドの良さを少しだけご紹介します。

 

前回やったこともコマンドで!

前回紹介した「水分子を非表示にし、ついで核酸分子を選択して CPK 空間充填モデルに変更する」という作業も、コマンドでやってみましょう。前回、ドルマークだけが表示された白いウィンドウがありましたよね? こちらが、コマンドを入力するための Jmol スクリプト・コンソールです。


PDB-ChemStation01-04
 

前回と同じように PDB ファイルを開いたら、表示されているドルマークに続いて、次のコマンドを一行ずつ入力し、Enter キーを押してください(以下では「コンソールに入力してください」という意味で、初めにドルマークを付けておきます。実際に皆さんが入力するのはその後に続く命令だけです)。

$ hide water
$ select dna
$ spacefill only
$ color cpk

 

これで、前回作成したのと同じ状態になります。確認してみてください。


PDB-ChemStation02-02
 

メニューではできないことを、コマンドで!

ここからは、GUI のメニューからの操作では難しい処理をコマンドでやってみます。


PDB-ChemStation02-ABC
 

まずは DNA をカートゥーン表示にしてみます(図A)。

$ select dna
$ cartoon only

 

塩基を A, T, G, C それぞれで色分けしてみましょう。a, t, g, c でヌクレオシドごとの選択になります。色は適当に決めましたが、A と T を暖色系、G と C を寒色系にしてみました(図B)。

$ select a
$ color coral
$ select t
$ color gold
$ select g
$ color lightgreen
$ select c
$ color cornflowerblue

 

今度は DNA の背骨部分を選択し、こちらは棒球表示らしくしてみます(図C)。

$ select backbone
$ wireframe 0.15
$ spacefill 20%

 

表示されている分子モデルをぐるぐる回してみると、A と T が対をつくり、G と C が対をつくっているのをはっきりと確認できますね。

 

画像として保存

もちろん、今回も画像を保存してみましょう。前回同様に JPG 形式で保存してみますが、今度はコマンドで行います。Mac でデスクトップに保存したい場合は

$ write /Users/ユーザ名/Desktop/1bna.jpg

 

のように入力します。Windows なら

$ write C:/Users/ユーザ名/Desktop/1bna.jpg

 

と入力してください。これでデスクトップに JPG 画像が出力されます。


1bna
 

いかがでしたか?

このように、コマンドを用いれば詳細に表示のしかたを調節することができました。簡単な例しか示していませんし、私もすべてを試したわけではありませんが、非常に多くの機能がありますので、興味のある方はご覧ください。

 

参考になる外部サイト

※今回作成したモデルは、あまり美しい&見やすいものではありませんでしたが、次回の説明をわかりやすくするためにあえてこんなモデルにしました。美的センスに自信のある方は、もっと綺麗なモデルを作ってみてください!

 

The following two tabs change content below.
アセトアミノフェン
大学院生です。研究では分析化学を専門にしています。

関連記事

  1. 進撃のタイプウェル
  2. 文献検索サイトをもっと便利に:X-MOLをレビュー
  3. 【PR】Chem-Stationで記事を書いてみませんか?【スタ…
  4. スタチンのふるさとを訪ねて
  5. 磁性流体アートの世界
  6. 地域の光る化学企業たち-2
  7. 農薬DDTが大好きな蜂
  8. 受賞者は1000人以上!”21世紀のノーベル賞…

コメント

  1. 分子構造を 3D で観察しよう (2) – 化学者のつぶやき -Chem-Station-: 前回は、直感的なメニューを使いながら Jmol を動かし、分子の表示を調節しました。今回(第二回..

  1. この記事へのトラックバックはありません。

注目情報

ピックアップ記事

  1. オキサリプラチン /oxaliplatin
  2. ラロック インドール合成 Larock Indole Synthesis
  3. NIMSフォーラム 「未来のエネルギーをつむぐ新材料・新物質、ここに集結!」
  4. 抗生物質の話
  5. 天然バナジウム化合物アマバジンの奇妙な冒険
  6. ノーベル賞への近道?ー研究室におけるナレッジマネジメントー
  7. リチャード・シュロック Richard R.Schrock
  8. 穴の空いた液体
  9. 2011年10大化学ニュース【後編】
  10. 100兆分の1秒を観察 夢の光・XFEL施設公開

注目記事

関連商品

注目情報

試薬検索:東京化成工業



最新記事

モザイクワクチン HIVから人類を守る救世主となるか

ジョンソン・アンド・ジョンソンは、HIV及びエイズに関する会議 "IAS2007" にて、最新のHI…

有機合成化学協会誌2017年7月号:有機ヘテロ化合物・タンパク質作用面認識分子・Lossen転位・複素環合成

有機化学合成協会が発行する、有機合成化学協会誌。今月、7月号が7月25日にオンライン公開になりました…

ジャンフェン・カイ Jianfeng Cai

ジャンフェン・カイ(Jianfeng Cai、19xx年xx月xx日-)は、アメリカ在住の有機化学者…

研究室でDIY!~光反応装置をつくろう~

有機反応開発の世界では、可視光レドックス触媒反応が大ブームです。筆者のグループも例外ではなく、毎日容…

シアノスター Cyanostar

シアノスター  (Cyanostar)は、tert-butylbenzeneとacrylonitri…

スルホニルアミノ酸を含むペプチドフォルダマーの創製

南フロリダ大学・Jianfeng Caiらのグループは、L-アミノ酸とD-sulfono-γ-AAp…

Chem-Station Twitter

PAGE TOP