前回は、直感的なメニューを使いながら Jmol を動かし、分子の表示を調節しました。今回（第 2 回）はコマンドを入力して操作したいと思います。

なぜ、わざわざコマンドで？

前回簡単だったのに、どうして？ と思う方もいるかもしれませんが、これには理由があります。

Jmol には非常にたくさんの機能があります。しかし、メニューにそのすべてを放り込んでしまうと、どうなるでしょうか。機能が多すぎて全部表示してしまうとメニューがごちゃごちゃしてしまいますよね。メニューが膨大になると、使う側も探すのが大変になってしまいます。そこで、Jmol の場合は「本当によく使う機能だけをメニューに入れておくから、ほかはコマンドで操作してね」ということになっているのだと思います。

コマンドの場合は覚えるのは大変ですが、ほとんどの場合は自然な英語に近いですし、一度覚えればメニューから探すより圧倒的に速く使えるようになるはずです。そこで、今回はコマンドの良さを少しだけご紹介します。

前回やったこともコマンドで！

前回紹介した「水分子を非表示にし、ついで核酸分子を選択して CPK 空間充填モデルに変更する」という作業も、コマンドでやってみましょう。前回、ドルマークだけが表示された白いウィンドウがありましたよね？ こちらが、コマンドを入力するための Jmol スクリプト・コンソールです。

前回と同じように PDB ファイルを開いたら、表示されているドルマークに続いて、次のコマンドを一行ずつ入力し、Enter キーを押してください（以下では「コンソールに入力してください」という意味で、初めにドルマークを付けておきます。実際に皆さんが入力するのはその後に続く命令だけです）。

$ hide water
$ select dna
$ spacefill only
$ color cpk

これで、前回作成したのと同じ状態になります。確認してみてください。

メニューではできないことを、コマンドで！

ここからは、GUI のメニューからの操作では難しい処理をコマンドでやってみます。

まずは DNA をカートゥーン表示にしてみます（図A）。

$ select dna
$ cartoon only

塩基を A, T, G, C それぞれで色分けしてみましょう。a, t, g, c でヌクレオシドごとの選択になります。色は適当に決めましたが、A と T を暖色系、G と C を寒色系にしてみました（図B）。

$ select a
$ color coral
$ select t
$ color gold
$ select g
$ color lightgreen
$ select c
$ color cornflowerblue

今度は DNA の背骨部分を選択し、こちらは棒球表示らしくしてみます（図C）。

$ select backbone
$ wireframe 0.15
$ spacefill 20%

表示されている分子モデルをぐるぐる回してみると、A と T が対をつくり、G と C が対をつくっているのをはっきりと確認できますね。

画像として保存

もちろん、今回も画像を保存してみましょう。前回同様に JPG 形式で保存してみますが、今度はコマンドで行います。Mac でデスクトップに保存したい場合は

$ write /Users/ユーザ名/Desktop/1bna.jpg

のように入力します。Windows なら

$ write C:/Users/ユーザ名/Desktop/1bna.jpg

と入力してください。これでデスクトップに JPG 画像が出力されます。

いかがでしたか？

このように、コマンドを用いれば詳細に表示のしかたを調節することができました。簡単な例しか示していませんし、私もすべてを試したわけではありませんが、非常に多くの機能がありますので、興味のある方はご覧ください。

参考になる外部サイト

• Jmol/JSmol interactive scripting documentation ：Jmol のコマンドを網羅した一覧。
• Jmol – タンパク質立体図描画ツール ：Jmol のコマンドの利用例を日本語で説明。
• RasMol ：実は Jmol のコマンドのほとんどは RasMol と共通です。

※今回作成したモデルは、あまり美しい＆見やすいものではありませんでしたが、次回の説明をわかりやすくするためにあえてこんなモデルにしました。美的センスに自信のある方は、もっと綺麗なモデルを作ってみてください！