有機合成化学特別賞とは、日本有機合成化学協会が与える最高の賞。毎年一人に授与される。

1983 野副 鉄男　（非ベンゼン系芳香族化学への貢献）
1984 小田 良平    （基礎および応用有機合成化学への貢献）
1986 村橋 俊介　（低分子および高分子有機合成化学への貢献）
1987 菅澤 重彦　（含窒素複素環化合物を中心とした有機合成化学の開拓ならびに展開）
1988 宍戸 圭一　（生理活性化合物を指向した有用反応の開発と応用）
1989 松井 正直　（生理活性天然有機化合物の化学合成への貢献）
1990 梅澤 純夫　（抗生物質の合成研究と開発への貢献）
1991 伴 義雄　　（天然物の全合成研究－アルカロイドからテルペンまで）
1992 野崎 一　　（有機合成新手法開拓への貢献）
1993 向山 光昭　（有機合成化学における新機軸の確立）
1994 萩原 信衛　（錯体触媒を用いる有機合成化学の萌芽期における学術的貢献）
1995 平田 義正　（複雑な構造の生理活性天然有機化合物の研究による有機合成化学への貢献）
1996 熊田 誠　（有機ケイ素化学に関する先導的研究による有機合成化学への貢献）
1997 伊藤 昌壽　（ＰＮＣ法の発明、自社技術の開発・育成および科学技術振興への貢献）
1998 辻 二郎　（パラジウム触媒を用いる有機合成化学の先導的研究）
1999 中川 正澄　（デヒドロアヌレン類の合成研究）
2000 野依 良治　（分子触媒化学）
2001 吉田 善一　（分子機能化学）
2002 森 謙治　（生物学的に興味ある光学活性天然物の合成）
2003 鈴木 章　（有機ホウ素化合物を用いる新規合成反応の研究）
2004 村井 眞二　（均一系触媒反応開発への貢献）
2005 村橋 俊一　（触媒反応の開拓による有機合成化学への貢献）
2006 伊藤 嘉彦　（イソニトリル金属錯体と有機合成化学への応用）
2007 伊東 椒　　（非ベンゼン系芳香族化学，天然物化学，新反応開発への貢献）
2008 山本 尚　　（分子性酸触媒の設計と応用）
2009 岸 義人　　（複雑な天然物の合成・構造研究）
2010 柴﨑 正勝　（多機能不斉触媒の創製と応用）
2011 白濱晴久 　(キノコ毒を出発点とした天然物有機化学の多面的展開)
2012 竜田邦明 　(多種多様な天然整理活性物質の全合成と創薬研究)
2013 玉尾皓平　（元素化学を基盤とする有機合成反応の開発と応用）
2014 中井 武         (有機合成反応の立体化学制御と不斉合成への展開)
2015 桑嶋 功 (有機反応・合成設計)
2016 薗頭 健吉 (遷移金属アセチリド錯体の研究と共役アセチレン合成触媒の開発)

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