[スポンサーリンク]

化学者のつぶやき

YADOKARI-XG 2009

[スポンサーリンク]

 

IREMC(International Center of Research & Education for Molecular Complex Chemistry)による「教育を目的とした結晶学関連ソフトウェアの開発」プロジェクトとして一般公開された「Yadokari-XG 2009」プログラムの紹介です

 

 

 

化合物の同定及び性質の解明に有効な方法の一つとして、X線結晶構造解析があります。
各大学・研究機関・研究室によって環境は異なると思いますが、学生自ら測定・解析を行う所もあれば、全て専任の担当者にお任せするところもあると思います。

筆者は、博士課程の時に初めて装置の立ち上げから教わり、結晶の選別・マウント、測定条件の設定や解析及び理論等を多少なりとも学ぶ機会がありました。

ところが現在所属する研究室は、大学に属する専門の技術者に全てを任せるスタイルで、X線の測定・解析に実験時間を割く必要が無い反面、解析データの信頼度や責任が中途半端に感じてしまうこともあります。

そこでデータの再確認(時にはデータの質の向上)を目的に、毎回、自分でも解析を行うことにしています。その時に利用しているのが、「Yadokari XG」です。

既にご存知の方も居ると思いますが、Yadokari-XGとは「有機化学屋が作ったX線結晶構造解析ソフト」で、「有機化学者の,有機化学者による,有機化学者のための」 X線結晶構造解析&Gaussian Output閲覧用のソフトです。

このソフト自体は以前から広く認知されていたと思いますが、去る7月に、東北大学主導のIREMC(International Center of Research & Education for Molecular Complex Chemistry)による「教育を目的とした結晶学関連ソフトウェアの開発」プロジェクトとして、「Yadokari-XG 2009」プログラムが一般公開されました。

Yadokari-XGは、SHELXL、SHELXS、PATSEE、SIR97、DIRDIF、ORTEP-III、POV-Ray の各ソフトの機能を持ち合わせており、さらにGaussianの出力ファイルから構造を表示することが出来ます(機能の詳細はコチラ)。

 

mes2s2

 

今回公開された、「Yadokari-XG 2009」では、以下の点が改善されています(プロジェクトHPより)。

  • ほとんどの結晶関連外部ソフトウェアとのリンク可能
  • 最新versionソフトウェアのインストールの簡便化
  • 空間群決定プログラム (Yadokari-SG) を大幅に更新
  • 原子番号付けの機能強化(Excellタイプでの変更可能)
  • SHELXLの特殊機能(disorder など)への対応を強化
  • 論文投稿に必要なCIFファイル作成の機能を強化

また東北大学では、上記プログラムに関する少人数実習セミナーも受け付けているようです。

プロジェクトの趣旨に「構造解析の自動化・ブラックボックス化を目的とするものではありません」と記載されてますが、少しでもX線構造解析に関心のある学生さんは、第一歩として、是非この機会に触れてみてはいかがでしょうか。そして将来的に日本の化学者全体のX線構造解析スペクトルに関する知識・理解の底上げに繋がれば、と期待してます。

 

恥ずかしながら、筆者が研究を始めた当初は、解析して見えた分子構造にのみ注目し、誰がどう解析を行ったのかなんて興味もありませんでした。。

しかし、各種スペクトル測定において、「どのような測定過程や理論を基に解析されているのかを知ることも、化合物や分子構造の特徴を理解する上で非常に重要である」と今では認識しています。

日本でこのようなソフトが開発され身近に利用できることは、有機化学を行う者としてとても恵まれていると感じます。今後、様々な種類のスペクトル解析ソフトがまだまだ出て来ると思いますが、利用が簡便・容易になる一方で、中身の理解にも時間を費やしたいものです。

余談ですが、製作・開発者の脇田啓二氏・秋根茂久氏はなんと当時大学院生!感心のため息しか出てきません。

 

外部リンク

 

関連記事

  1. もっとも単純な触媒「プロリン」
  2. 「進化分子工学によってウイルス起源を再現する」ETH Zuric…
  3. 粒子画像モニタリングシステム EasyViewerをデモしてみた…
  4. 美麗な分子モデルを描きたい!!
  5. 科博特別展「日本を変えた千の技術博」にいってきました
  6. π⊥ back bonding; 逆供与でπ結合が強くなる?!
  7. テストには書けない? カルボキシル化反応の話
  8. 第三回 ケムステVシンポ「若手化学者、海外経験を語る」を開催しま…

コメント、感想はこちらへ

注目情報

ピックアップ記事

  1. ゴキブリをバイオ燃料電池、そしてセンサーに
  2. クラリベイト・アナリティクスが「引用栄誉賞2019」を発表
  3. ジョアンナ・アイゼンバーグ Joanna Aizenberg
  4. ジェレマイア・ジョンソン Jeremiah A. Johnson
  5. 金ナノクラスター表面の自己組織化単分子膜を利用したテトラセンの高効率一重項分裂とエネルギー変換機能
  6. 2018年 (第34回)日本国際賞 受賞記念講演会のお知らせ
  7. 大阪大学インタラクティブ合宿セミナーに参加しました
  8. 最期の病:悪液質
  9. C-H結合活性化を経るラクトンの不斉合成
  10. イオンの出入りを制御するキャップ付き分子容器の開発

関連商品

ケムステYoutube

ケムステSlack

注目情報

注目情報

最新記事

第133回―「遺伝暗号リプログラミングと翻訳後修飾の研究」Jason Chin教授

第133回の海外化学者インタビューはジェイソン・チン教授です。ケンブリッジMRC分子生物学研究所のタ…

アメリカ大学院留学:卒業後の進路とインダストリー就活(3)

前回・前々回の記事では、アメリカのPhD取得後の進路について、一般的な進路やインダストリー就活の流れ…

リンだ!リンだ!ホスフィン触媒を用いたメチルアミノ化だ!

有機リン触媒とアリールボロン酸を用いたニトロメタンの還元的C–Nカップリング反応が報告された。本手法…

化学者のためのエレクトロニクス講座~次世代の通信技術編~

このシリーズでは、化学者のためのエレクトロニクス講座では半導体やその配線技術、フォトレジストやOLE…

第132回―「遷移金属触媒における超分子的アプローチ」Joost Reek教授

第132回の海外化学者インタビューはジュースト・リーク教授です。アムステルダム大学ファント・ホッフ分…

位置多様性・脱水素型クロスカップリング

第281回のスポットライトリサーチは、菅原真純 博士にお願いしました。菅原さんは理化学研究所…

エノールエーテルからα-三級ジアルキルエーテルをつくる

α-オキシラジカルを経るエノールエーテルのa位官能基化が開発された。種々のアルキルエノールエーテルと…

アメリカ大学院留学:卒業後の進路とインダストリー就活(2)

前回の記事では、アメリカのPhD取得後の進路について、一般的な進路や就活を始める時期について紹介しま…

Chem-Station Twitter

PAGE TOP