[スポンサーリンク]

一般的な話題

有機化合物のスペクトルデータベース SpectraBase

[スポンサーリンク]

有機化合物を取り扱っている研究者の皆様。構造決定の際にはNMRを代表とするスペクトルを測定すると思います。それでは既知の化合物のスペクトルを確認したいときはどうしますか?様々な方法があると思います。例えば以下の方法。

  1. SciFinderで構造検索をして、実際のスペクトルにアクセスする
  2. 「◯◯, 1H NMR」「◯◯, IR」などでググる
  3. 有名なスペクトルデータベース「SDBS」で調べる
  4. 1H NMRや13 NMR の場合ChemDrawの予測スペクトルで我慢する
  5. 化合物をもっているのならば自分で測定する
  6. そんなもの調べない。僕の頭の中にはすべてのスペクトルが入っている

構造決定が得意な研究者・学生ならば6で問題ないと思いますが、まあ一応見ておきたいものですよね。そんなときに重宝するのが無料のオンラインのスペクトルデータベース。知っている限り3にある「SDBS」がもっとも主流でした。最近、バイオ・ラッド社から新たな第二のスペクトルデータベースが公開されました。その名も

SpectraBase

です。今回はこのデータベースについて紹介してみようと思います。

そもそもバイオラッド社って何者?

正直言って知りませんでしたが、バイオ・ラッド社は1952年に設立されたアメリカの会社で、ライフサイエンスや診断薬分野でなどではかなり有名な会社のようです。

PCR増幅器やバイオマーカー、タンパク質精製関連など、多くのアプリケーションをもっています。

そんなライフサイエンス関連会社がスペクトルデータベース?と思いますが、かなり昔から続けているサービスで、今回満を持して一部をオンライン公開したようです。

無料の豊富なスペクトルデータベース「SpectraBase」

SpectraBaseでの全スペクトル数は約70万!IRやRamanが中心なようですが、NMR、MS、UVスペクトルも多数保有しています。これだけのスペクトルデータベースを無料で使えるのはすごいですね。外観はいたってシンプル。検索は化合物名やCAS番号で調べることが可能です。

スペクトルデータベース「SpectraBase」

 

では試しにステロイドホルモンのProgesteroneを調べてみましょう。検索バーで検索すると10個の候補がでてきました。デオキシ体などの類縁体ですね。Progesteroneをクリックすると以下のようなページがでてきました。表示されている構造式はmol形式でダウンロードも可能です。肝心のスペクトルデータベースはProgesteroneの場合、13C NMRスペクトルが13種類(各種重溶媒)、1HNMRが2種類に加えて、IR, ラマン、MSスペクトル、UV-Visスペクトルとすべて揃っています。

検索例:Progesteroneの場合

 

ただし、表示されているスペクトルはなんだか中途半端。完全なスペクトルをみるためには登録が必要なようです。ただし、登録は無料。Googleのアカウントなどでもすぐに登録できるので手間はかかりません。登録してスペクトル部分をクリックすると、別ページに飛び、continueをクリックすると10秒後にスペクトルが表示されます(ここがすこし面倒)。

実際表示されたスペクトル

 

もちろん拡大・縮小もできますし、面白いのが、自身のもっているNMRデータと重ね合わせができること。スペクトル上部のボタンOverlay Spectrumをクリックして、実際に測定したNMRデータ(ほとんどのNMRデータの拡張子に対応しているようです)を読み込めば、画面上でデータの重ね合わせができます。

というわけで大変高性能なスペクトルデータベースですが、1つ欠点が。

いくつか試してみたところ、一部の特にNMRデータが1本線でしか表示されていないところや、数が足りないところがありました。どういうことか問い合わせてみたところ、デジタル化前のスペクトルデータはデジタルデータが存在しなかったために、ケミカルシフト値のみのものもあるそうです。ケミカルシフトとして採用できるピークの明瞭なもののみを収録してデータベース化したとのことでした。なかなか完璧なものはないですね。まあしかし、無料で使えるスペクトルデータベースとしては知っておいて損はないと思います。構造解析の教育用にもよいかもしれません。

ぜひ皆さん試してみてはいかがでしょうか?

スペクトルデータベースKnowItAll

どうやらこのデータベースはKnowItAllというバイオ・ラッド社の販売しているスペクトルデータベースから一部無料公開しているようです。製品版は

  • トータル230万件以上のスペクトルデータベース
  • 264,000件以上の IR & ATR スペクトル集
  • 24,000件以上の Ramanスペクトル集
  • 921,000件以上のNMRスペクトル集
  • 1,100,000件以上のMSスペクトル集
  • 30,000以上のUVスペクトル集

とのこと。実際に測定したスペクトルを読み込んで、スペクトルからの類似検索ができるそうで、混合物の成分分析などに重宝されているそうです。KnowItAllでのスペクトル検索、混合物検索、実装されている自動スペクトル補正機能については、以下のムービーを御覧ください。また、教育機関のためには「構造式作図とスペクトル(NMR,IR,Raman)閲覧機能」が利用できるフリーソフトウェアが公開されています。 フリーソフトのダウンロード先はこちら

・KnowItAll概要

  •  混合物検索を含む、基本的な検索方法

  • スペクトル自動補正の影響について

お問い合わせ先

バイオ・ラッド ラボラトリーズ株式会社
 インフォマティクス事業部
 〒140-0002 東京都品川区東品川2-2-24 天王洲セントラルタワー20F
 TEL: 03-6361-7080
 E-mail: informatics_jp@bio-rad.com
webmaster

webmaster

投稿者の記事一覧

Chem-Station代表。早稲田大学理工学術院教授。専門は有機化学。主に有機合成化学。分子レベルでモノを自由自在につくる、最小の構造物設計の匠となるため分子設計化学を確立したいと考えている。趣味は旅行(日本は全県制覇、海外はまだ20カ国ほど)、ドライブ、そしてすべての化学情報をインターネットで発信できるポータルサイトを作ること。

関連記事

  1. 大学院生が博士候補生になるまでの道のり【アメリカで Ph.D. …
  2. Altmetric Score Top 100をふりかえる ~2…
  3. 天然物の全合成研究ーChemical Times特集より
  4. 日本にあってアメリカにないガラス器具
  5. 学生実験・いまむかし
  6. CV書いてみた:ポスドク編
  7. 【読者特典】第92回日本化学会付設展示会を楽しもう!PartII…
  8. 日本薬学会第137年会  付設展示会ケムステキャンペーン

コメント、感想はこちらへ

注目情報

ピックアップ記事

  1. 住友化学歴史資料館
  2. リコペン / Lycopene
  3. 日本薬学会第125年会
  4. Chem-Station 6周年へ
  5. C–H活性化反応ーChemical Times特集より
  6. 有機触媒 / Organocatalyst
  7. 天然階段状分子の人工合成に成功
  8. 白リン / white phosphorus
  9. シェリル・サイ Shiou-Chuan (Sheryl) Tsai
  10. 内部アルケン、ついに不斉ヒドロアミノ化に屈する

関連商品

ケムステYoutube

ケムステSlack

注目情報

注目情報

最新記事

兄貴達と化学物質+α

Tshozoです。以前こういう記事を書いたのですが、昨今の状況を見るにつけ前回調べきれなかった点を加…

創発型研究のススメー日本化学会「化学と工業:論説」より

学問のススメの続きは?「天は人の上に人を造らず,人の下に人を造らず」で始まる福沢諭吉の学問のスス…

11年ぶり日本開催、国際化学五輪プレイベントを3月に

7月に日本で開催される国際化学オリンピックを盛り上げようと、プレイベント「化学との出会い 未来を拓(…

文具に凝るといふことを化学者もしてみむとてするなり⑫: XP-PEN Deco01の巻

「実験大好き化学者も、デスクワークを快適化しようよ」な文具コーナーです。かなり久々の執筆で恐縮です。…

4つの異なる配位結合を持つ不斉金属原子でキラル錯体を組み上げる!!

第 296 回のスポットライトリサーチは、東京大学塩谷研究室で博士号を取得され、現在は京都大学寺西研…

ナタリー カロリーナ ロゼロ ナバロ Nataly Carolina Rosero-Navarro

Nataly Carolina Rosero-Navarro (コロンビア生まれ) は、日本在住の化…

【マイクロ波化学(株)ウェビナー】 #環境 #SDGs マイクロ波によるサステナブルなものづくり (プラ分解、フロー合成、フィルム、乾燥、焼成)

<内容>ご好評につき、先月と同じ内容のウェブセミナーを開催!事業・開発課題の一ソリュ…

銀ジャケを狂わせた材料 ~タイヤからの意外な犯人~

Tshozoです。先日ケムステスタッフの方が気になる関連論文を紹介されていましたので書くこととしまし…

Chem-Station Twitter

PAGE TOP