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エドマン分解 Edman Degradation

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概要

ペプチド一次配列決定法の一種。フェニルイソチオシアナートとの反応でN末端1残基だけをフェニルチオヒダントインの形で切り出し、一つずつアミノ酸配列を決定する。

サンプルは極微量で良いが、多くの場合、適用限界は30-50残基程度である。またN末端が化学修飾されたものや、反応点が分子内部に埋もれたペプチドには適用できない。予め2次・3次構造を破壊しておく必要があるのでジスルフィド結合の位置などは決定できない。

基本文献

・Edman, P.; Hogfeldt, E.; Sillen, L. G.; Kinell, P.-O. Acta Chem. Scand. 1950, 4, 283. doi:10.3891/acta.chem.scand.04-0283
・Edman P.; Begg G. Eur. J. Biochem. 1967, 1, 80.
・Niall, H. D. Meth. Enzymol.1973, 27, 942. doi:10.1016/S0076-6879(73)27039-8

 

反応機構

Edman_degra_2.gif

反応例

実験手順

以下の手順で行われる。

  1. ポリペプチド鎖に対してフェニルイソチオシアナート(PITC)を反応させる
  2. 無水トリフルオロ酢酸を加えて環化をおこす
  3. 酸処理を行いアミノ酸を切り取る
  4. 切りとったフェニルチオヒダントインアミノ酸の紫外吸収をHPLCで追跡しアミノ酸種を同定する。

現在では全てが自動化されており、ガラスフィルターやポリフッ化ビニリデン(PVDF)膜に保持させ、10 pmol程度の高純度試料があれば配列が分かる。繰り返し行っていくと反応の不完全性や副反応などによる反応の収率低下が蓄積するため、後になるほど精度が落ちていく。このため試料は予め酵素的・化学的手法で20残基程度の短鎖ペプチドにまで切断しておく。

実験のコツ・テクニック

 

関連動画

参考文献

 

関連書籍

 

外部リンク

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投稿者の記事一覧

博士(薬学)。Chem-Station副代表。現在国立大学教員として勤務中。専門は有機合成化学、主に触媒開発研究。
関心ある学問領域は三つ。すなわち、世界を創造する化学、世界を拡張させる情報科学、世界を世界たらしめる認知科学。
素晴らしければ何でも良い。どうでも良いことは心底どうでも良い。興味・趣味は様々だが、そのほとんどがメジャー地位を獲得してなさそうなのは仕様。

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