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化学構造式描画のスタンダードを学ぼう!【応用編】

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前回の基本編に引き続き、化学構造式描画の標準ガイドラインをご紹介します。

“Graphical representation standards for chemical structure diagrams (IUPAC Recommendations 2008)”
Brecher, J. Pure Appl. Chem. 2008, 80, 277-410. doi:10.1351/pac200880020277

構造式描画のガイドライン:応用編

応用編は見やすさと言うより、誤解を生まない為の表記指針になります。特に論文上の化学構造式を描く際には、一通りチェックする癖を付けておきましょう。

単結合末端にはラベルを書く

メチル基(CH3またはMe)は落としがちです。無くても意味は通じますが、誤植か否かという混乱を生まない為にも、著者側でちゃんと書いておくのが親切です。

配位結合は単実線で書く

右のような矢印表記は良く見ますが、IUPAC非推奨であることは知っておいて良いと思います。

また多中心配位結合の場合は、実線表記が原則です。非局在π電子も破線ではなく実線での曲線表記が推奨です。

環内二重結合は内側に書く

これも明確に推奨されています。

二重結合2つに挟まれた炭素は明示する

アレンだけなぜか緩くてもいいらしいですが、ちゃんと書く癖を付けておくのがベターだと思います。

原子ラベルの向きに注意

原子団のうち、結合に関与している元素を必ず実線に接続させましょう。逆にすると構造式の意味が変わってしまったり、混乱・誤解を生む元になります。筆者個人がよく見かけるミスも、確かに下の3つかと思います。

立体配置は四面体構造がイメージしやすいように書く

特に右図のヒドロキシル基のような表記は、どの方向に向いているのかが一目でイメージしづらく、誤解を生みやすい典型となります。

マイナス記号にはエンダッシュを使う

単なるハイフンでは短すぎて見にくくなるため、エンダッシュ(en-dash)の使用が推奨されています。

イオン結合はイオンペア間に線を書かない

電荷をもつ化学種を明示しつつ共有結合と区別する意図から、下記の表記が推奨されています。

おわりに

論文中ではこれ以外にも多数の推奨・非推奨事例が、「えっ、こんなことまで?」と思えるほど事細かに取りあげられています。「見やすく安心感のある構造式」をこれまで意識したことがなかった方は、一度ざっと眺めて見てはいかがでしょう。主観ベースではない、国際標準を知ることができる点で有益かと思われます。

※図は冒頭論文より引用・改変しました

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cosine

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博士(薬学)。Chem-Station副代表。国立大学教員→国研研究員にクラスチェンジ。専門は有機合成化学、触媒化学、医薬化学、ペプチド/タンパク質化学。
関心ある学問領域は三つ。すなわち、世界を創造する化学、世界を拡張させる情報科学、世界を世界たらしめる認知科学。
素晴らしければ何でも良い。どうでも良いことは心底どうでも良い。興味・趣味は様々だが、そのほとんどがメジャー地位を獲得してなさそうなのは仕様。

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