榊原康文（Yasubumi Sakakibara, 1960年5月13日-）は、日本の生命情報科学者・人工知能研究者である。慶應義塾大学 教授 （北里大学特任教授兼任）。
第50回ケムステVシンポ講師
経歴
1983 東京工業大学 卒業
1985 東京工業大学大学院理工学研究科 修了
1991 東京工業大学 博士号取得（博士（理学））
1991 富士通研究所 研究員
1992-1993米国カリフォルニア大学サンタクルーズ校 客員研究員
1996 東京電機大学 助教授
2002 慶應義塾大学 助教授
2005- 慶應義塾大学 教授
2023- 北里大学 特任教授
受賞歴
2023 日本バイオインフォマティクス学会賞
研究業績
バイオインフォマティクスの研究
情報科学や人工知能を生命科学へ応用するバイオインフォマティクスの研究に黎明期から携わり、その成果を基に、確率的文脈自由文法（SCFG）を用いたRNA構造モデリングという、当時としては極めて画期的な研究を世界で初めて実現した。この研究は、生体分子配列解析における確率モデルの技術を創出するものであり、ゲノムデータなどのオミックスデータに機械学習を適用したがんゲノム解析や腸内細菌叢のメタゲノム解析などへの応用に発展した。また、バーチャルスクリーニングによる創薬、深層学習を用いた医療画像解析などの研究にも従事している。
名言集
コメント＆その他
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関連文献
[1] Ohnuki Y, Akiyama M, Sakakibara Y. Deep learning of multimodal networks with topological regularization for drug repositioning, J Cheminform. 16, 103 (2024). DOI: 10.1186/s13321-024-00897-y
[2] Uehara M, Inoue T, Hase S, Sasaki E, Toyoda A, Sakakibara Y. Decoding host-microbiome interactions through co-expression network analysis within the non-human primate intestine, mSystems. 9, e01405-23 (2024). DOI: 10.1128/msystems.01405-23
[3] Ochiai T, Inukai T; (12人中12番目) Sakakibara Y. Variational autoencoder-based chemical latent space for large molecular structures with 3D complexity, Commun Chem. 6, 249 (2023). DOI: 10.1038/s42004-023-01054-6
[4] Akiyama M and Sakakibara Y. Informative RNA base embedding for RNA structural alignment and clustering by deep representation learning, NAR Genom Bioinform. 4, lqac012 (2022). DOI: 10.1093/nargab/lqac012
[5] Sato K, Akiyama M, Sakakibara Y. RNA secondary structure prediction using deep learning with thermodynamic integration, Nat Commun. 12(1), 941 (2021). DOI: 10.1038/s41467-021-21194-4
[6] Watanabe N, Ohnuki Y, Sakakibara Y. Deep learning integration of molecular and interactome data for protein-compound interaction prediction, J Cheminform. 13(1), 36 (2021). DOI: 10.1186/s13321-021-00513-3
[7] Sakakibara, Y, (10人中1番目) Sato, K. COPICAT: A software system for predicting interactions between proteins and chemical compounds. Bioinformatics 28(5): 1276-1277 (2012). DOI: 10.1093/bioinformatics/bts031
[8] Namiki T; (4人中4番目) Sakakibara Y. MetaVelvet: an extension of Velvet assembler to de novo metagenome assembly from short sequence reads, Nucleic Acids Res. 40(20), e155 (2012). DOI: 10.1093/nar/gks678
[9] Nagamine N, Shirakawa, T; (7人中7番目) Sakakibara, Y. Integrating statistical predictions and experimental verifications for enhancing protein-chemical interaction predictions in virtual screening, PLoS Comput Biol. 5(6), e1000397 (2009). DOI: 10.1371/journal.pcbi.1000397
[10] Sakakibara Y, (7人中1番目) Brown M; Haussler D. Stochastic context-free grammars for tRNA modeling, Nucleic Acids Res. 22(23), 5112-5120 (1994). DOI: 10.1093/nar/22.23.5112
関連書籍
バイオインフォマティクス入門 （共著） 慶應義塾大学出版会 （2015年8月）
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