[スポンサーリンク]

化学者のつぶやき

核酸合成試薬(ホスホロアミダイト法)

[スポンサーリンク]

核酸とは?

核酸とは、デオキシリボ核酸(DNA)とリボ核酸(RNA)の総称です。DNAは主に遺伝情報の蓄積や貯蔵、RNAは情報の伝達やタンパク質の合成などの役割を担っています。DNAは、デオキシリボースの1’位に核酸塩基が結合したユニット(デオキシヌクレオド)に、さらに5’位にリン酸が結合したデオキシヌクレオドを最小単位とした生体ポリマーです。一方、RNAはリボースが主骨格になります。(図1, 2)。

図1 DNA構成単位(デオキシリボヌクレオチド)とRNA構成単位(リボヌクレオチド)(注. 塩基は代表してアデニンで表現)

図2 核酸塩基:アデニン(A)、グアニン(G)、シトシン(C)、チミン(T)、ウラシル(U)(RNAではチミンの代わりにウラシルになります)

これらの誘導体を連結させたオリゴ核酸からなる核酸医薬品が注目されています。ターゲットに対して特異的に働くため、副作用が少ないことが特長です。今回は、核酸合成の主流であるホスホロアミダイト法による固相合成について、各工程で使用する核酸合成試薬の紹介を踏まえながら概説します。

ホスホロアミダイト法

ホスホロアミダイト法とは、1980年代にCaruthers教授によって開発された核酸合成法です。亜リン酸ジエステルのモノアミド体であるホスホロアミダイトモノマーを使用し、ポリマービーズなどの固相上で核酸モノマーを付加させる方法です。1つの核酸モノマーを付加するためには、以下の①~④の工程を1サイクルとして、目的の鎖長になるまで繰り返します(式1)。その後、濃アンモニア水を用いて固相担体から切り出します。自動合成装置用の試薬として、多くが溶液として販売されており、適切な濃度や組成のものを選択することで、別途調液する必要がないため効率的です。

<各工程>

①脱保護: 固相に担持されたヌクレオシドから、5’位の4,4′-ジメトキシトリチル基(DMTr基)を除去する。(デブロッキング試薬

②カップリング: ①で5’位のDMTr基を除去したヌクレオシドに対し、ホスホロアミダイト(核酸モノマー)と活性化剤(アクチベーター)を用いて縮合する。(アミダイトアクチベーター

③キャッピング: 副反応を抑制するために、②で生じた未反応鎖の5’位水酸基をアセチル化する。(キャッピング試薬

④安定化: 酸化もしくは硫化によって、亜リン酸エステルを安定なリン酸エステル、もしくはチオリン酸エステルに変換する。(酸化試薬硫化試薬

 

式1 ホスホロアミダイト法での4工程の反応 参考)和田猛監修:核酸医薬の創製と応用展開 (株式会社シーエムシー出版) (2016).

デブロッキング剤

固相に担持されたヌクレオシドの市販品(例えばNittoPhase®)は、5’位の水酸基が DMTr基で保護されています。5’位は次工程のカップリングにおける反応点ですので、事前に脱保護しなければなりません。この用途で使用されるのがデブロッキング試薬です。主にジクロロ酢酸、トリクロロ酢酸の溶液が用いられます(式2)。

式2 弱酸によるDMTr基の除去

ホスホロアミダイト・アクチベーター

ホスホロアミダイトは、3’位の水酸基と結合したリン原子上にシアノエトキシ基とジイソプロピルアミノ基を有し、5’位の水酸基はDMTr基で保護されています(図3 左)。このホスホロアミダイトはDNA用RNA用ともに多くの種類が市販されています。4,5-ジシアノイミダゾールや、1H-テトラゾール誘導体などの活性化剤(アクチベーター)存在下、ホスホロアミダイトと5’位がフリーの水酸基となったヌクレオシドもしくはヌクレオチドを反応させるとカップリングが進行し、1ユニット分が連結したオリゴ核酸が得られます(式3)。また、天然型の構造だけではなく、架橋型人工核酸(Locked Nucleic Acid)のようなホスホロアミダイトも存在します。リボースの2’位と4’位がアルキル鎖で架橋した構造です。ヌクレアーゼ(核酸分解酵素)耐性を示すため、核酸医薬品への応用が期待されます(図3 右)。また、必要とするアミダイトが市販されていないときは、アミダイト合成試薬を用いることで、ヌクレオシドから誘導体化が可能です。

図3 ホスホロアミダイト、および架橋型人工核酸の構造

式3 ホスホロアミダイト法によるカップリング工程

キャッピング試薬

カップリング工程では完全に反応させることは難しく、多くの場合には未反応鎖が残ってしまいます。次工程で別のヌクレオシドのユニットをカップリングさせたい場合には、この未反応鎖の5’位は望まない反応点になってしまいます。そこでキャッピング試薬でアセチル化し不活性化させます(式4)。キャッピング試薬のアセチル化剤としては無水酢酸、塩基としてはピリジンや2,6-ルチジンを用いることが多いです。

式4 キャッピング試薬による未反応鎖の不活性化

酸化試薬

カップリング工程においては、亜リン酸エステル結合が生成されますが、この結合は不安定です。次工程以降の副反応を抑制するため、安定なリン酸エステルに変換する工程が酸化工程であり、酸化試薬が用いられます(式5)。酸化試薬は、ヨウ素の水/THF溶液に、塩基としてピリジンや2,6-ルチジンが添加された溶液が用いられます。

式5 酸化試薬によるリン酸エステル結合への変換

硫化試薬

酸化によってリン酸エステルに変換したオリゴヌクレオチドは安定ですが、核酸医薬として適用する場合には、生体内での安定性を考慮する必要があります。生体内の核酸分解酵素であるヌクレアーゼによって、リン酸エステル結合が加水分解されてしまいます。したがって、さらに安定な形に変換しなくてはなりません。主な変換反応は、チオリン酸エステル結合への変換であり、硫化試薬が用いられます(式6)。硫化剤にはDDTT、5-フェニル-3H-1,2,4-ジチアゾール-3-オン、PADSなどが使われます(図4)。

式6 硫化試薬によるチオリン酸エステル結合への変換

図4 硫化試薬

おわりに

国内では多くの核酸創薬プロジェクトが進行していますが、その課題として原料や試薬、合成装置が現時点で海外に依存していることが挙げられます。このような要望を受けて国内メーカーの試薬の供給も増えていくと思われます。詳細については関連サイトでご確認ください。

関連リンク

富士フイルム和光純薬 Siyaku Blog

・『【連載】核酸医薬合成基礎講座 「第1回 オリゴヌクレオチド合成」

・『同「第2回 オリゴヌクレオチド合成における保護・脱保護」

・『同「第3回 オリゴヌクレオチド合成におけるカップリング反応」

・『同「第4回 オリゴヌクレオチド合成におけるキャッピング及び酸化・硫化反応」

・『同「番外編 オリゴヌクレオチドの精製」

 

Avatar photo

富士フイルム和光純薬

投稿者の記事一覧

「次の科学のチカラとなり、人々の幸せの源を創造する」
みなさまの研究開発を支えるチカラとなるべく、
これからも高い技術とクオリティで、次代のニーズにお応えします。
Twitterでの情報提供を始めました。

関連記事

  1. フェノールのC–O結合をぶった切る
  2. 創薬におけるモダリティの意味と具体例
  3. ポンコツ博士の海外奮闘録⑧〜博士,鍵反応を仕込む②〜
  4. システインの位置選択的修飾を実現する「π-クランプ法」
  5. 花粉症対策の基礎知識
  6. 亜鉛トリフラート触媒:Zinc Triflate
  7. 博士課程学生の奨学金情報
  8. 熱や力で真っ二つ!キラルセルフソーティングで構築されるクロミック…

注目情報

ピックアップ記事

  1. 単一細胞レベルで集団を解析
  2. 第74回―「生体模倣型化学の追究」Ronald Breslow教授
  3. 官能基化オレフィンのクロスカップリング
  4. カシノナガキクイムシ集合フェロモンの化学構造を解明
  5. 巧みに骨格構築!Daphgracilineの全合成
  6. 「無保護アルコールの直截的なカップリング反応」-Caltech Fu研より
  7. 和製マスコミの科学報道へ不平不満が絶えないのはなぜか
  8. 3成分開始剤系を用いたリビングラジカル重合
  9. 青色LED和解:中村教授「日本の司法制度は腐ってる」
  10. 有機合成化学協会誌2022年9月号:π-アリルパラジウム・ポリエンマクロラクタム・Sirtuin蛍光プローブ・安定ラジカルカチオン・金属-硫黄クラスター

関連商品

ケムステYoutube

ケムステSlack

月別アーカイブ

2021年2月
1234567
891011121314
15161718192021
22232425262728

注目情報

最新記事

CIPイノベーション共創プログラム「有機電解合成の今:最新技術動向と化学品製造への応用の可能性」

日本化学会第106春季年会(2026)で開催されるシンポジウムの一つに、CIPセッション「有機電解合…

CIPイノベーション共創プログラム「世界を変えるバイオベンチャーの新たな戦略」

日本化学会第106春季年会(2026)で開催されるシンポジウムの一つに、CIPセッション「世界を変え…

年会特別企画「XAFSと化学:錯体, 触媒からリュウグウまで –放射光ことはじめ」

放射光施設を利用したX線吸収分光法(XAFS)は、物質の電子状態や局所構造を元素選択的に明らかにでき…

超公聴会 2026 で発表します!!【YouTube 配信】

超公聴会は、今年度博士号を取得する大学院生が公聴会の内容を持ち寄ってオンライン上で発表する会です。主…

日本化学会 第104春季年会 付設展示会ケムステキャンペーン Part II

さて、Part Iに引き続きPart II!年会をさらに盛り上げる企画として、2011年より…

凍結乾燥の常識を覆す!マイクロ波導入による乾燥時間短縮と効率化

「凍結乾燥は時間がかかるもの」と諦めていませんか?医薬品や食品、新素材開発において、品質を維…

日本化学会 第104春季年会 付設展示会ケムステキャンペーン Part I

まだ寒い日が続いておりますが、あっという間に3月になりました。今年も日本化学会春季年会の季節です。…

アムホテリシンBのはなし 70年前に開発された奇跡の抗真菌薬

Tshozoです。以前から自身の体調不良を記事にしているのですが、昨今流行りのAIには産み出せな…

反応操作をしなくても、化合物は変化する【プロセス化学者のつぶやき】

前回まで1. 設定温度と系内の実温度のお話2. 温度値をどう判断するか温度を測ること…

ジチオカーバメートラジカル触媒のデザイン〜三重項ビラジカルの新たな触媒機能を発見〜

第698回のスポットライトリサーチは、名古屋大学大学院工学研究科(大井研究室)博士後期課程1年の川口…

実験器具・用品を試してみたシリーズ

スポットライトリサーチムービー

PAGE TOP