[スポンサーリンク]

化学者のつぶやき

構造式を楽に描くコツ!? テクニック紹介

[スポンサーリンク]

みなさんは、構造式をどうやって描いていますか? ChemDraw でいちから描くのも楽しいですが、今回は忙しいみなさんのための手抜きで楽に構造式を完成させる方法をご紹介します。

 

1. ダウンロードできる MOL ファイルを活用せよ!

Web サイトの中には、構造式のデータを MOL ファイルという形式で提供してくれている場合があります。たとえば、無料のオンライン化学情報データベースとして有名なものでは

等が挙げられます。例えば ChemSpider で“maitotoxin”を検索してみます。ChemSpider は 2015 年 5 月 21 日にリニューアルし、より使いやすいインターフェースになっています。

ChemSpider-02

検索結果の画面の Save をクリックして MOL ファイルをダウンロードできます。試しに Marvin Sketch で開いてみました(Marvin Sketch は Windows/Mac/Linux などで動く無料の構造式エディタです。もちろん有料の ChemDraw や Windows 用 ChemSketch をお持ちであれば、同じように開くことができます)。

ChemSpider-03

よく見ると微妙に間違っている部分があるかもしれませんが、基本的な骨格はもう完成していますので、まずい部分だけ軽く直して利用できますね!

 

2. 論文から構造式を盗め!

ひとつめの方法は既にやっている方も多いかもしれません。しかし、新しく合成された化合物などはデータベースに登録されていないかもしれません。こうした場合に利用できるのが、Firefox や Chrome ブラウザで動くプラグイン「NCATSFind」です。筆者は Windows/Mac 両方の Firefox/Chrome で試すことができました。

  • Firefox 版
    すぐに使える状態でダウンロードできます。ここをクリックすると、直接 ncats-find.xpi というファイルがダウンロードできますので、通常のアドインと同じように「有効化」してください。
  • Chrome 版(よくわからなければ Firefox 版を試してください)
    「ビルド」という操作が必要なようです。ビルドといっても添付されているバッチファイルあるいはシェルスクリプトを実行するだけで、一瞬です。具体的にはここをクリックして zip ファイルをダウンロードし、解凍します。Windows の場合は chromeBuild.bat をダブルクリックするだけです。Mac などの場合は chromeBuild.sh をターミナルから実行してください。ビルドしたら「拡張機能」のデベロッパーモードで、「パッケージ化されていない拡張機能を読み込む」という機能を使ってインストールします。

ここでは、Chrome 版を Mac で使ったスクリーンショットを使いながら、便利さを実感していただこうと思います。Firefox 版を Mac で使った場合はこちらにスクリーンショットがあります。Windows でもインタフェースは全く同じです。

例えばこちらの論文の Abstract の図で、一番右の構造式を使いたいとします。Chrome では右上にベンゼン環のようなアイコンが出ているので、クリックして「Screen area to Structure」を選択します。

Chrome-NCATS01

使いかたのインストラクションが現れますので、その通りに操作しましょう。

Chrome-NCATS03

構造式部分をドラッグアンドドロップで選び、Process をクリック。すると構造式が OCR 機能さながらに認識されます! 上の「Save Molfile」をクリックすると、MOL ファイルをダウンロードできます。

Chrome-NCATS05

こちらも試しに Marvin Sketch で開いてみました。

Chrome-NCATS06

テキスト認識の OCR 機能を使ったことがある方はお分かりだと思いますが、若干の読み取りミスが起こります。しかし、骨格はあっていますので、ちょっと修正して構造式の完成です。

 

最後に

いかがでしょうか? Web リソースを上手に活用すれば、このように複雑な構造式でも手軽に描くことができます。NCATSFind には「Web サイトから CAS Number を自動的に認識する機能」もあり、こちらも便利です。一度ためしてみては?

 

関連記事

 

アセトアミノフェン

アセトアミノフェン

投稿者の記事一覧

工学(修士);専門は応用化学・生物物理学。会社員です。

関連記事

  1. 「芳香族共役ポリマーに学ぶ」ーブリストル大学Faul研より
  2. メチレン炭素での触媒的不斉C(sp3)-H活性化反応
  3. 3.11 14:46 ①
  4. 高速エバポレーションシステムを使ってみた:バイオタージ「V-10…
  5. 1,2-還元と1,4-還元
  6. ベンゼン環記法マニアックス
  7. 不安定試薬の保管に!フードシーラーを活用してみよう
  8. 第九回ケムステVシンポジウム「サイコミ夏祭り」を開催します!

コメント、感想はこちらへ

注目情報

ピックアップ記事

  1. アメリカ大学院留学:卒業後の進路とインダストリー就活(2)
  2. 溶液を流すだけで誰でも簡単に高分子を合成できるリサイクル可能な不均一系ラジカル発生剤の開発
  3. その化合物、信じて大丈夫ですか? 〜創薬におけるワルいヤツら〜
  4. 電子実験ノートもクラウドの時代? Accelrys Notebook
  5. シランカップリング剤の反応、効果と応用【終了】
  6. 小スケール反応での注意点 失敗しないための処方箋
  7. 特許資産規模ランキング2019、トップ3は富士フイルム、三菱ケミカル、住友化学
  8. 「原子」が見えた! なんと一眼レフで撮影に成功
  9. ポリフェノールに食品アレルギー予防効果
  10. 室温で緑色発光するp型/n型新半導体を独自の化学設計指針をもとにペロブスカイト型硫化物で実現

関連商品

ケムステYoutube

ケムステSlack

月別アーカイブ

2015年5月
« 4月   6月 »
 123
45678910
11121314151617
18192021222324
25262728293031

注目情報

注目情報

最新記事

KISTECおもちゃレスキュー こども救急隊・こども鑑識隊

おもちゃレスキューに君も入隊しよう!大事なおもちゃがこわれたら、どうしますか? …

ポンコツ博士研究員の海外奮闘録 〜コロナモラトリアム編〜

事実は小説より奇なり。「博士系なろう」という新ジャンルの開拓を目指し,博士を経て得られた文章力を全力…

乙卯研究所 研究員募集

公益財団法人乙卯研究所から研究員募集のお知らせです。自分自身でテーマを決めて好きな有機化学の研究…

SNSコンテスト企画『集まれ、みんなのラボのDIY!』

先日公開されたこちらのケムステ記事と動画、皆さんご覧になって頂けましたでしょうか?https…

可視光レドックス触媒と有機蓄光の融合 〜大気安定かつ高性能な有機蓄光の実現〜

第351回のスポットライトリサーチは、九州大学 安達・中野谷研究室 で研究をされていた陣内 和哉さん…

可視光全域を利用できるレドックス光増感剤

東京工業大学 理学院 化学系の玉置悠祐助教、入倉茉里大学院生および石谷治教授は、新たに合成したオスミ…

【ジーシー】新卒採用情報(2023卒)

弊社の社是「施無畏」は、「相手の身になって行動する」といった意味があります。これを具現化することで存…

有機合成のための新触媒反応101

(さらに…)…

化学者のためのエレクトロニクス講座~電解ニッケルめっき編~

この化学者のためのエレクトロニクス講座では半導体やその配線技術、フォトレジストやOLEDなど、エレク…

その病気、市販薬で治せます

(さらに…)…

Chem-Station Twitter

実験器具・用品を試してみたシリーズ

スポットライトリサーチムービー

PAGE TOP