[スポンサーリンク]

化学者のつぶやき

構造式を楽に描くコツ!? テクニック紹介

みなさんは、構造式をどうやって描いていますか? ChemDraw でいちから描くのも楽しいですが、今回は忙しいみなさんのための手抜きで楽に構造式を完成させる方法をご紹介します。

 

1. ダウンロードできる MOL ファイルを活用せよ!

Web サイトの中には、構造式のデータを MOL ファイルという形式で提供してくれている場合があります。たとえば、無料のオンライン化学情報データベースとして有名なものでは

等が挙げられます。例えば ChemSpider で“maitotoxin”を検索してみます。ChemSpider は 2015 年 5 月 21 日にリニューアルし、より使いやすいインターフェースになっています。

ChemSpider-02

検索結果の画面の Save をクリックして MOL ファイルをダウンロードできます。試しに Marvin Sketch で開いてみました(Marvin Sketch は Windows/Mac/Linux などで動く無料の構造式エディタです。もちろん有料の ChemDraw や Windows 用 ChemSketch をお持ちであれば、同じように開くことができます)。

ChemSpider-03

よく見ると微妙に間違っている部分があるかもしれませんが、基本的な骨格はもう完成していますので、まずい部分だけ軽く直して利用できますね!

 

2. 論文から構造式を盗め!

ひとつめの方法は既にやっている方も多いかもしれません。しかし、新しく合成された化合物などはデータベースに登録されていないかもしれません。こうした場合に利用できるのが、Firefox や Chrome ブラウザで動くプラグイン「NCATSFind」です。筆者は Windows/Mac 両方の Firefox/Chrome で試すことができました。

  • Firefox 版
    すぐに使える状態でダウンロードできます。ここをクリックすると、直接 ncats-find.xpi というファイルがダウンロードできますので、通常のアドインと同じように「有効化」してください。
  • Chrome 版(よくわからなければ Firefox 版を試してください)
    「ビルド」という操作が必要なようです。ビルドといっても添付されているバッチファイルあるいはシェルスクリプトを実行するだけで、一瞬です。具体的にはここをクリックして zip ファイルをダウンロードし、解凍します。Windows の場合は chromeBuild.bat をダブルクリックするだけです。Mac などの場合は chromeBuild.sh をターミナルから実行してください。ビルドしたら「拡張機能」のデベロッパーモードで、「パッケージ化されていない拡張機能を読み込む」という機能を使ってインストールします。

ここでは、Chrome 版を Mac で使ったスクリーンショットを使いながら、便利さを実感していただこうと思います。Firefox 版を Mac で使った場合はこちらにスクリーンショットがあります。Windows でもインタフェースは全く同じです。

例えばこちらの論文の Abstract の図で、一番右の構造式を使いたいとします。Chrome では右上にベンゼン環のようなアイコンが出ているので、クリックして「Screen area to Structure」を選択します。

Chrome-NCATS01

使いかたのインストラクションが現れますので、その通りに操作しましょう。

Chrome-NCATS03

構造式部分をドラッグアンドドロップで選び、Process をクリック。すると構造式が OCR 機能さながらに認識されます! 上の「Save Molfile」をクリックすると、MOL ファイルをダウンロードできます。

Chrome-NCATS05

こちらも試しに Marvin Sketch で開いてみました。

Chrome-NCATS06

テキスト認識の OCR 機能を使ったことがある方はお分かりだと思いますが、若干の読み取りミスが起こります。しかし、骨格はあっていますので、ちょっと修正して構造式の完成です。

 

最後に

いかがでしょうか? Web リソースを上手に活用すれば、このように複雑な構造式でも手軽に描くことができます。NCATSFind には「Web サイトから CAS Number を自動的に認識する機能」もあり、こちらも便利です。一度ためしてみては?

 

関連記事

 

The following two tabs change content below.
アセトアミノフェン
大学院生です。研究では分析化学を専門にしています。

関連記事

  1. ピリジン-ホウ素ラジカルの合成的応用
  2. 化学連合シンポ&化学コミュニケーション賞授賞式に行ってきました
  3. オペレーションはイノベーションの夢を見るか? その2
  4. 学生に化学論文の書き方をどうやって教えるか?
  5. 光エネルギーによって二酸化炭素を変換する光触媒の開発
  6. もう入れたよね?薬学会年会アプリ
  7. 第4回CSJ化学フェスタに参加してきました!
  8. 光親和性標識法の新たな分子ツール

コメント、感想はこちらへ

注目情報

ピックアップ記事

  1. 千葉大など「シナモンマスク」を商品化 インフル予防効果に期待
  2. 第16回 教科書が変わる心躍る研究を目指すー野崎京子教授
  3. 日本化学会がプロモーションムービーをつくった:ATP交流会で初公開
  4. ヒストリオニコトキシン histrionicotoxin
  5. 完熟バナナはブラックライトで青く光る
  6. 窒素 Nitrogen -アミノ酸、タンパク質、DNAの主要元素
  7. Nanomaterials: An Introduction to Synthesis, Properties and Applications, 2nd Edition
  8. ベロウソフ・ジャボチンスキー反応 Belousov-Zhabotinsky(BZ) Reaction
  9. ITを駆使して新薬開発のスピードアップを図る米国製薬業界
  10. ホフマン転位 Hofmann Rearrangement

関連商品

注目情報

注目情報

最新記事

電気化学的HFIPエーテル形成を経る脱水素クロスカップリング反応

第151回のスポットライトリサーチは、東京農工大学農学府・千葉一裕研究室の今田泰史 (いまだ やすし…

「銅触媒を用いた不斉ヒドロアミノ化反応の開発」-MIT Buchwald研より

「ケムステ海外研究記」の第25回目は、マサチューセッツ工科大学 (MIT)博士課程で研究をされている…

2,2,2-トリクロロエトキシカルボニル保護基 Troc Protecting Group

概要2,2,2-トリクロロエトキシカルボニル(2,2,2-trichloroethoxycarb…

二重可変領域抗体 Dual Variable Domain Immunoglobulin

抗体医薬はリウマチやガンなどの難治性疾患治療に有効であり、現在までに活発に開発が進められてきた。…

サイエンスイングリッシュキャンプin東京工科大学

産業のグローバル化が進み、エンジニアにも国際的なセンスや語学力が求められているなか、東京工科大学(東…

特定の場所の遺伝子を活性化できる新しい分子の開発

ついにスポットライトリサーチも150回。第150回目は理化学研究所 博士研究員の谷口 純一 (たにぐ…

Chem-Station Twitter

PAGE TOP