[スポンサーリンク]

chemglossary

活性ベースタンパク質プロファイリング Activity-Based Protein Profiling

[スポンサーリンク]

従来のプロテオミクス研究では、タンパク質の存在量を測定することに主眼が置かれていた。この結果として、それぞれのタンパク質が有する活性については、間接的な推定を行うことしかできなかった。

標的タンパク質の存在量ではなく、活性を指標にしたプロテオミクス研究法を活性ベースタンパク質プロファイリング(Activity-Based Protein Profiling, ABPP)と呼ぶ。

タンパク質またはmRNAの存在量に依らず、酵素活性部位のavailabilityを直接見積もれることがABPP法の利点である。 たとえばある疾患における酵素活性化の有無を調べたり、酵素の阻害剤解析などに応用することができる。セリンプロテアーゼやメタロプロテアーゼなど、内因性阻害剤としばしば相互作用したり、不活性チモーゲンとして存在するような酵素群の解析においては特に有効で、従来型プロテオーム解析よりも有益な情報が得られる。(冒頭図は論文[1b]より引用)

ABPP用プローブについて

ABPP用プローブは、「反応性基」「タグ」の2要素で構成されている。選択性を高める官能基を含むこともある。

「反応性基」は活性型酵素の活性部位に対して共有結合阻害を行える反応性官能基が設計される。 「タグ」は、レポーター(蛍光団など)、アフィニティラベル(ビオチンなど)、Click反応基(アルキン・アジドなど)などとして設計される。

ABPPプローブと共有結合しうるタンパク質は、すなわちプロテオーム内の活性な酵素である。これはプロテオミクス研究で用いられる汎用的手法、すなわちアフィニティカラムによる濃縮・酵素断片化を経たLC-MS/MS法、蛍光イメージング、ウェスタンブロット法などで解析される。

参考文献

  1. Review: (a) Speers, A. E.; Cravatt, B. F. ChemBioChem 2004, 5, 41. DOI: 10.1002/cbic.200300721 (b) Willems, L. I.; Overkleeft, H. S.; van Kasteren, S. I. Bioconjugate Chem. 2014, 25, 1181. DOI: 10.1021/bc500208y (c) Niphakis, M. J.; Cravatt, B. F. Ann. Rev. Biochem. 2014, 83, 341. DOI: 10.1146/annurev-biochem-060713-035708 (d) Sanman, L. E.; Boygo, M. Ann. Rev. Biochem. 2014, 83, 247. DOI: 10.1146/annurev-biochem-060713-035352 (e) Jessani, N.; Cravatt, B. F. Curr. Opin. Chem. Biol. 2004, 8, 54. DOI: 10.1016/j.cbpa.2003.11.004
  2. (a) Kam, C. M.; Abuelyaman, A. S.; Li, Z.; Hudig, D.; Powers, J. C. Bioconjugate Chem. 1993, 4, 560. DOI: 10.1021/bc00024a021 (b) Abuelyaman, A. S.; Hudig, D.; Woodard, S. L.; Powers, J. C. Bioconjugate Chem. 1993, 4, 560. DOI: 10.1021/bc00029a004

関連書籍

Chem-Station内関連記事

関連リンク

 

cosine

cosine

投稿者の記事一覧

博士(薬学)。Chem-Station副代表。現在国立大学教員として勤務中。専門は有機合成化学、主に触媒開発研究。
関心ある学問領域は三つ。すなわち、世界を創造する化学、世界を拡張させる情報科学、世界を世界たらしめる認知科学。
素晴らしければ何でも良い。どうでも良いことは心底どうでも良い。興味・趣味は様々だが、そのほとんどがメジャー地位を獲得してなさそうなのは仕様。

関連記事

  1. メビウス芳香族性 Mobius aromacity
  2. 生物学的等価体 Bioisostere
  3. トランス効果 Trans Effect
  4. エレクトロクロミズム Electrochromism
  5. コールドスプレーイオン化質量分析法 Cold Spray Ion…
  6. クロスカップリング反応 cross coupling react…
  7. 界面活性剤 / surface-active agent, su…
  8. 非リボソームペプチド Non-Ribosomal Peptide…

コメント、感想はこちらへ

注目情報

ピックアップ記事

  1. 特許の基礎知識(3) 方法特許に注意! カリクレイン事件の紹介
  2. おまえら英語よりもタイピングやろうぜ ~上級編~
  3. 創薬化学
  4. 事故を未然に防ごう~確認しておきたい心構えと対策~
  5. 辻・トロスト反応 Tsuji-Trost Reaction
  6. 春の褒章2011-化学
  7. アメリ化学会創造的有機合成化学賞・受賞者一覧
  8. ポリ乳酸 Polylactic Acid
  9. 有機合成化学協会誌2019年6月号:不斉ヘテロDiels-Alder反応・合金ナノ粒子触媒・グラフェンナノリボン・触媒的光延反応・フェイズ・バニシング
  10. 第25回 溶媒の要らない固体中の化学変換 – Len MacGillivray教授

関連商品

注目情報

注目情報

最新記事

天然物生合成経路および酵素反応機構の解析 –有機合成から生化学への挑戦–

ケムステ海外研究記の第 33 回はテキサス大学 Liu 研究室に留学されていた牛丸理一郎先生にお願い…

海外機関に訪問し、英語講演にチャレンジ!~③ いざ、機関訪問!~

海外学会のついでに近郊機関に訪問し、ディスカッションと英語講演にトライしてみよう!シリーズ記事です。…

サントリー生命科学研究者支援プログラム SunRiSE

サントリー生命科学財団は1月31日、生命科学分野の若手研究者に1人当たり研究費1千万円を5年間、計5…

コロナウイルスが免疫システムから逃れる方法(2)

前回の記事では、コロナウイルスの基礎知識とコロナウイルスが持つRNA分解酵素(EndoU)について述…

第79回―「高分子材料と流体の理論モデリング」Anna Balazs教授

第79回の海外化学者インタビューは、アンナ・バラズ教授です。ピッツバーグ大学 化学・石油工学科に在籍…

コロナウイルスが免疫システムから逃れる方法(1)

新型コロナウイルスによる感染症が、世界中で猛威を振るっています。この記事を書いている私も、大学の閉鎖…

Chem-Station Twitter

PAGE TOP