スクリプス研究所（The Scripps Research Institute, TSRI）は、医薬関連分野にフォーカスした研究を行なっているアメリカの研究機関。ラホヤ（カリフォルニア）とジュピター(フロリダ)の2箇所にある。
およそ3000人のメンバーを抱える、世界最高の私立研究機関の一つ。設立は1991年。大学院も併設している。
特に化学科はハーバードやUCバークリーと並ぶ、最高峰の研究者チームを擁している。TSRIにはK.C.Nicolaou (2013年7月よりライス大学へ転出)、William Roush、Dale Boger、Peter Schultz、Kurt Wuthrich、K.B.Sharpless、Chi-Huey Wong、Julius Rebek、Phil Baranなど、多数の高名な有機化学者が在籍している。
日本からの留学・訪問研究員が多いことでも有名。スクリプス在籍OBが集まる、日本スクリプス会が運営されている。
2018年長年使われていたロゴが変更された。
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