[スポンサーリンク]

一般的な話題

構造式を美しく書くために【準備編】

[スポンサーリンク]

化学はとにかく「ビジュアル要素」が強い学問です。分かりやすい文章を書くだけでは「化学」を伝えるのに不十分であり、化学構造式に気を遣わない姿勢は、全く片手落ちといえるでしょう。

普段我々が何気なく見ている論文にしても、どれも整ったバランスで構造式が仕上がっています。綺麗な紙面は、それだけで論文を読むストレスを大幅に減らしてくれます。構造式のスタイルやレイアウト一つで、情報伝達の効率が格段に違うわけです。

そこで本シリーズでは、「見やすく整った化学構造式を書くための工夫」について紹介してみたいと思います。

まずはその【準備編】。普及版であるChemDrawを例にとりますが、無料ソフトのChemSketchMarvinSketchなどにも使えるような、基礎をメインに説明します。

化学構造式:情報伝達のための強力なツール

化学構造式ひとつには、結合・反応性・3次元配置など、かなり多くの情報が詰め込めます。場合によっては、解説テキストより重要と言っても過言では無いでしょう。読者によっては構造式しか追わない人もいるほどです。

たとえば以下の図は、とある全合成研究の紙面[1]。こんな長い合成経路、いちいち文章で説明してられませんよね。

 

chemformula_2

また超分子化学領域でも、とにかく構造式の作成にエネルギーが割かれます。化合物が複雑なので、美麗な図が作れないと何が何だか・・・となり、そもそも仕事内容からして伝わらないわけです。

chemformula_3

J.F.Stoddartスタイルの構造式。化学的な意味合いも込めて、色付きで描かれています。

これらの例を引くまでも無く、有機化学における構造式の使用頻度は高く、書き方に一家言お持ちの化学者は多くいらっしゃいます。構造式のスタイル・見やすさに心を砕いても砕きすぎることは無い、と筆者自身も思っています。

しかし経験が少なく書き慣れない学生さんや、構造式を書く機会に乏しい無機・物理化学領域の方であればどうでしょう。そもそも「どうやれば綺麗に書けるか分からない」人も多いのが現実ではないでしょうか?

 

ジャーナル指定スタイルで描いてみよう

描画ソフトを使い慣れない方は、デフォルトスタイルのまま描き続けていることが多いように思われます。実はこれでは、どうやっても綺麗な構造式に仕上げることができません。

この解決法は簡単で、「構造式スタイルシート」を使うようにすればOKです。ChemDrawの場合、[File]→[Open Style Sheetsとメニューを辿ると、ジャーナル推奨スタイルがプリインストールされていることが分かります。そもそも紙面に印刷して広く読んでもらう想定なので、整った万人向けスタイルにいずれも設定されています。

 

chemformula_1

 

とくに普段使いには、アメリカ化学会御用達・「ACS Documentスタイル」の使用をおすすめします。

フォントが構造式に比して大きめなので読みやすく、線の太さ・長さ・破線の間隔など総合的にみてバランスが良いからです。沢山詰め込んでも、押し出しが強くなりすぎないのも良いです。

このため、紙に印刷したり、全合成のように1ページに多くの構造式を示す目的に適している印象です。もちろん好みで他ジャーナルのスタイルを使っても良いと思います。

 

差は一目瞭然

差は一目瞭然

(論文[2]より引用)

 

とにかく目立つ!構造式を魅せる「Coreyスタイル」

ACSスタイルは万能なのですが、少し優等生的で悪く言えば面白みがありません。化合物を目立たせたり、大きな構造式を描いて見せたい機会も時には出てきます。

そんな用途にオススメなのが「Coreyスタイル」です。これはノーベル賞学者・E.J.Corey教授が自らの論文でACS推奨を無視して使い始めたフォーマットです。遠目からでも化学構造式が映えて見える、実に優れたスタイルです。目立つせいか、世界中にいる彼の弟子たちが好んで使っており、あちこちの論文で見かけるようになりました。筆者も論文上で一度使ってみた経験がありますが、実になかなか具合がよろしい(笑)。一度試してみるのも悪くないでしょう。

corey_font

 

このスタイルについては、Corey研出身の知人づてで詳細を知りましたので、設定法をここで示しておきます。

[File]→[Document Setting]と選んだあと、以下の様にパラメータを設定します。

 

chemformula_6

chemformula_7

②その後、[File]→[Save As]でファイルの種類を[Chem Draw Style Sheet(*.cds)]とし、[ChemDraw Itemsフォルダ]に保存します。

chemformula_8

 

③次からは[File]→[Open Style Sheets]で選べるようになります。

おまけ:自分で設定するのすら面倒というものぐさChemDrawユーザもいるでしょう。そんなのためにCoreyスタイル設定ファイル(corey_font.cds)を作ってみました。この場を借りて配布します。これを[ChemDraw Itemsフォルダ]に保存すればOKです。

ChemDrawiconcorey_font.cdsのダウンロード

ChemSketchやMarvinSketchなどでも、対応箇所のパラメータ設定を行えば同じスタイルで書けるはずです(確認はしてませんが・・・)。もちろんこのやり方で独自のフォーマットを作って保存しておくこともできます・・・が、ほとんどの場合は改悪になるので、よほどデザインセンスに自信のある人以外は止めておくのが無難でしょう(笑)

 

おわりに

さて、構造式の描画スタイル一つとっても、長年にわたる工夫があることが分かったと思います。「綺麗な構造式で魅せて欲しい!」これは世界共通の願いなのですね。

最近のジャーナルを眺めていると、崩れかかった化学構造式を見かけることが増えた気がします。ちゃんとしたジャーナルならば編集側の細やかな配慮があり、校正を行ったうえで一定のクオリティに仕上げて公開するものです。しかしオープンアクセスジャーナルの乱立・世界的な投稿数激増・編集コスト軽減などの諸現実を反映してか、そこまで手が回らないケースも多くなっているようです。

もちろん、読み手からは好ましくない現状です。「意味が伝わる限りは、評価に勘定しない」という建前ではいるものの、読者も人間です。やはり「見やすい図で論文を気持ちよく読みたい」と思うのは、これ人情というものでしょう。

先日のACS Catalysis誌にも、関連する心の叫び(?)が掲載されていました[2]。「指定のフォーマットを使ってくれ!」という短い主張ではありますが、文章の短さが逆に切実さを感じさせます。どこまで雑な投稿論文が多いのか?と勘ぐりたくもなりますね・・・。

今回の知識をもとに、整った構造式を描く実践的なコツをいずれ紹介してみたいと思います。

 

関連商品

 

関連文献

[1] Harutyunyan, S. R.; Zhao, Z.; den Hartog, T.; Bouwmeester, K.; Minnaard, A. J.; Feringa, B. L.; Govers, F. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2008, 105, 8507. doi: 10.1073/pnas.0709289105
[2] Jones, C. W. ACS Catal. 2013, 3, 2194. DOI: 10.1021/cs400678e

 

関連リンク

cosine

cosine

投稿者の記事一覧

博士(薬学)。Chem-Station副代表。現在国立大学教員として勤務中。専門は有機合成化学、主に触媒開発研究。
関心ある学問領域は三つ。すなわち、世界を創造する化学、世界を拡張させる情報科学、世界を世界たらしめる認知科学。
素晴らしければ何でも良い。どうでも良いことは心底どうでも良い。興味・趣味は様々だが、そのほとんどがメジャー地位を獲得してなさそうなのは仕様。

関連記事

  1. 4つの性がある小鳥と超遺伝子
  2. MEXT-JST 元素戦略合同シンポジウム ~元素戦略研究の歩み…
  3. (−)-Salinosporamide Aの全合成
  4. 未来の化学者たちに夢を
  5. カンブリア爆発の謎に新展開
  6. アルキン来ぬと目にはさやかに見えねども
  7. ケムステVシンポ「最先端有機化学」開催報告(前編)
  8. 新しいエポキシ化試薬、Triazox

コメント、感想はこちらへ

注目情報

ピックアップ記事

  1. 鉄錯体による触媒的窒素固定のおはなし-2
  2. 【書籍】液晶の歴史
  3. 2009年10大化学ニュース
  4. 化学反応のクックパッド!? MethodsNow
  5. 有機反応を俯瞰する ーヘテロ環合成: C—X 結合で切る
  6. ランタノイド Lanthanoid
  7. SciFinder Future Leaders プログラム体験記 まとめ
  8. 福井鉄道と大研化学工業、11月に電池使い車両運行実験
  9. 伊藤嘉彦京都大名誉教授死去
  10. 2007年度ノーベル医学・生理学賞決定!

関連商品

ケムステYoutube

ケムステSlack

月別アーカイブ

2013年9月
« 8月   10月 »
 1
2345678
9101112131415
16171819202122
23242526272829
30  

注目情報

注目情報

最新記事

エキノコックスにかかわる化学物質について

Tshozoです。40年以上前でしょうか、手塚治虫氏の有名な作品「ブラック・ジャック」でこう…

秋田英万 Akita Hidetaka

秋田 英万(あきた ひでたか)は、日本の有機化学者である。千葉大学薬学研究院および東北大学薬学研究院…

香料化学 – におい分子が作るかおりの世界

(さらに…)…

ギ酸ナトリウムでconPETを進化!

塩化アリールのラジカルカップリング反応が開発された。芳香環の電子状態にかかわらず種々の塩化アリールに…

料理と科学のおいしい出会い: 分子調理が食の常識を変える

(さらに…)…

シビれる(T T)アジリジン合成

電気化学的に不活性アルケンと一級アミンをカップリングさせることで、N-アルキルアジリジンが合成された…

mi3 企業研究者のためのMI入門③:避けて通れぬ大学数学!MIの道具として数学を使いこなすための参考書をご紹介

最近よく耳にするデジタル・トランスフォーメーション(DX)やマテリアルズ・インフォマティクス(MI)…

産総研より刺激に応じて自在に剥がせるプライマーが開発される

産業技術総合研究所機能化学研究部門スマート材料グループ 相沢 美帆 研究員は、刺激を加える前には接着…

マイクロ波の技術メリット・事業メリットをお伝えします!/マイクロ波化学(株)10月度ウェビナー

10月は当社(マイクロ波化学)の技術あるいは当社の事業に興味がある方、それぞれをテーマにしたウェビナ…

宮田完ニ郎 Miyata Kanjiro

宮田 完ニ郎 (みやた かんじろう) は、日本の有機化学者である。東京大学大学院工学系研究科マテリア…

Chem-Station Twitter

実験器具・用品を試してみたシリーズ

スポットライトリサーチムービー

PAGE TOP