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逆転写ポリメラーゼ連鎖反応(RT-PCR; reverse transcription PCR)

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DNAではなく、RNAを対象としたPCR。逆転写酵素(reverse transcriptase)を用い、RNAサンプルを相補的DNA(cDNA)へと転写し、得られたcDNAに対して通常のPCRを行う。そのため、逆転写反応のステップ以外は通常のPCRと同じである。逆転写反応とPCRを1ステップで行う方法と、2ステップに分けて行う方法がある。

遺伝子発現量(mRNA量)の測定やRNAウイルスの感染検査など、RNAの定量を目的に、qPCRと組み合わせて用いられることが多い(RT-qPCR)。定量以外の目的では、クローニングや配列決定などにも利用される。

RT-PCRの流れ。

 

1ステップのRT-PCR

  • 手間・作業エラーが少ない。
  • 作業手順が少ないため、特にサンプル数が多い場合に有利。
  • 感度が下がる場合がある。
  • 特定の配列を対象にしたプライマーしか用いれない。

2ステップのRT-PCR

  • 逆転写反応と、PCR過程で異なるプライマーを用いることができる。
  • 各ステップの条件調整をしやすい。
  • 1ステップの手法よりも手順が多く、コンタミネーションやエラーが起こりやすい。

特に2ステップの手法では、逆転写反応でランダム配列のプライマーライブラリーを用いてcDNAライブラリを作り、PCR過程では特異的プライマーを用いて特定の遺伝子を増幅する、という手法がよく利用されている。ポリT配列のプライマー(mRNAのポリA配列に結合する)を用いる場合もある。

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大学院生。化学科、ケミカルバイオロジー専攻。趣味はスポーツで、アルティメットフリスビーにはまり中。

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