DNAではなく、RNAを対象としたPCR法。逆転写酵素（reverse transcriptase）を用い、RNAサンプルを相補的DNA（cDNA）へと転写し、得られたcDNAに対して通常のPCRを行う。そのため、逆転写反応のステップ以外は通常のPCRと同じである。逆転写反応とPCRを1ステップで行う方法と、2ステップに分けて行う方法がある。
遺伝子発現量（mRNA量）の測定やRNAウイルスの感染検査など、RNAの定量を目的に、qPCRと組み合わせて用いられることが多い（RT-qPCR）。定量以外の目的では、クローニングや配列決定などにも利用される。
RT-PCRの流れ。
1ステップのRT-PCR
- 手間・作業エラーが少ない。
- 作業手順が少ないため、特にサンプル数が多い場合に有利。
- 感度が下がる場合がある。
- 特定の配列を対象にしたプライマーしか用いれない。
2ステップのRT-PCR
- 逆転写反応と、PCR過程で異なるプライマーを用いることができる。
- 各ステップの条件調整をしやすい。
- 1ステップの手法よりも手順が多く、コンタミネーションやエラーが起こりやすい。
特に2ステップの手法では、逆転写反応でランダム配列のプライマーライブラリーを用いてcDNAライブラリを作り、PCR過程では特異的プライマーを用いて特定の遺伝子を増幅する、という手法がよく利用されている。ポリT配列のプライマー（mRNAのポリA配列に結合する）を用いる場合もある。
関連リンク
- ポリメラーゼ連鎖反応（PCR）：ケムステ記事
- 定量PCR（qPCR）、リアルタイムPCR：ケムステ記事
