[スポンサーリンク]

chemglossary

活性ベースタンパク質プロファイリング Activity-Based Protein Profiling

従来のプロテオミクス研究では、タンパク質の存在量を測定することに主眼が置かれていた。この結果として、それぞれのタンパク質が有する活性については、間接的な推定を行うことしかできなかった。

標的タンパク質の存在量ではなく、活性を指標にしたプロテオミクス研究法を活性ベースタンパク質プロファイリング(Activity-Based Protein Profiling, ABPP)と呼ぶ。

タンパク質またはmRNAの存在量に依らず、酵素活性部位のavailabilityを直接見積もれることがABPP法の利点である。 たとえばある疾患における酵素活性化の有無を調べたり、酵素の阻害剤解析などに応用することができる。セリンプロテアーゼやメタロプロテアーゼなど、内因性阻害剤としばしば相互作用したり、不活性チモーゲンとして存在するような酵素群の解析においては特に有効で、従来型プロテオーム解析よりも有益な情報が得られる。(冒頭図は論文[1b]より引用)

ABPP用プローブについて

ABPP用プローブは、「反応性基」「タグ」の2要素で構成されている。選択性を高める官能基を含むこともある。

「反応性基」は活性型酵素の活性部位に対して共有結合阻害を行える反応性官能基が設計される。 「タグ」は、レポーター(蛍光団など)、アフィニティラベル(ビオチンなど)、Click反応基(アルキン・アジドなど)などとして設計される。

ABPPプローブと共有結合しうるタンパク質は、すなわちプロテオーム内の活性な酵素である。これはプロテオミクス研究で用いられる汎用的手法、すなわちアフィニティカラムによる濃縮・酵素断片化を経たLC-MS/MS法、蛍光イメージング、ウェスタンブロット法などで解析される。

参考文献

  1. Review: (a) Speers, A. E.; Cravatt, B. F. ChemBioChem 2004, 5, 41. DOI: 10.1002/cbic.200300721 (b) Willems, L. I.; Overkleeft, H. S.; van Kasteren, S. I. Bioconjugate Chem. 2014, 25, 1181. DOI: 10.1021/bc500208y (c) Niphakis, M. J.; Cravatt, B. F. Ann. Rev. Biochem. 2014, 83, 341. DOI: 10.1146/annurev-biochem-060713-035708 (d) Sanman, L. E.; Boygo, M. Ann. Rev. Biochem. 2014, 83, 247. DOI: 10.1146/annurev-biochem-060713-035352 (e) Jessani, N.; Cravatt, B. F. Curr. Opin. Chem. Biol. 2004, 8, 54. DOI: 10.1016/j.cbpa.2003.11.004
  2. (a) Kam, C. M.; Abuelyaman, A. S.; Li, Z.; Hudig, D.; Powers, J. C. Bioconjugate Chem. 1993, 4, 560. DOI: 10.1021/bc00024a021 (b) Abuelyaman, A. S.; Hudig, D.; Woodard, S. L.; Powers, J. C. Bioconjugate Chem. 1993, 4, 560. DOI: 10.1021/bc00029a004

関連書籍

Chem-Station内関連記事

関連リンク

 

The following two tabs change content below.
cosine

cosine

博士(薬学)。Chem-Station副代表。現在国立大学教員として勤務中。専門は有機合成化学、主に触媒開発研究。 関心ある学問領域は三つ。すなわち、世界を創造する化学、世界を拡張させる情報科学、世界を世界たらしめる認知科学。 素晴らしければ何でも良い。どうでも良いことは心底どうでも良い。興味・趣味は様々だが、そのほとんどがメジャー地位を獲得してなさそうなのは仕様。

関連記事

  1. メビウス芳香族性 Mobius aromacity
  2. クリックケミストリー / Click chemistry
  3. ポットエコノミー Pot Economy
  4. 国連番号(UN番号)
  5. 全合成 total synthesis
  6. 機能指向型合成 Function-Oriented Synthe…
  7. E値 Environmental(E)-factor
  8. エレクトロクロミズム Electrochromism

コメント

  1. この記事へのコメントはありません。

  1. この記事へのトラックバックはありません。

注目情報

ピックアップ記事

  1. 化学大手4社は増収 4-6月期連結決算
  2. 「花粉のつきにくいスーツ」登場
  3. ジョージ・フェール George Feher
  4. フリース転位 Fries Rearrangment
  5. 電子実験ノートもクラウドの時代? Accelrys Notebook
  6. アルキンから環状ポリマーをつくる
  7. ランタノイド / lanthanide
  8. スチュアート・シュライバー Stuart L. Schreiber
  9. 気になるあの会社~東京エレクトロン~
  10. ふるい”で気体分離…京大チーム

注目記事

関連商品

注目情報

試薬検索:東京化成工業



注目情報

最新記事

芳香族ニトロ化合物のクロスカップリング反応

第116回のスポットライトリサーチは、京都大学大学院工学研究科 材料化学専攻 有機材料化学講座(中尾…

バイエルスドルフという会社 ~NIVEA、8×4の生みの親~

Tshozoです。女装とかそういう趣味は無いのですが嫁さん(実在)に付き合って化粧品コーナを回ること…

化学系プレプリントサーバー「ChemRxiv」のβ版が運用開始

2017年8月14日、米国化学会(ACS)は、化学分野のプレプリントサーバー“ChemRxiv”のベ…

光触媒で人工光合成!二酸化炭素を効率的に資源化できる新触媒の開発

第115回のスポットライトリサーチは、東京工業大学 理学院 化学系 博士後期課程2年の栗木 亮さんに…

誰も教えてくれなかった 実験ノートの書き方 (研究を成功させるための秘訣)

概要悪い例とよい例を比較しながら,実験ノートを具体的にどう書けばよいのかを懇切丁寧に説明する…

神経変性疾患関連凝集タンパク質分解誘導剤の開発

第114回のスポットライトリサーチは、東京大学大学院薬学系研究科博士後期課程2年の山下 博子(やまし…

Chem-Station Twitter

PAGE TOP